Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,056,115 | A→C | 20.7% | G75G (GGT→GGG) | glnL ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with GlnG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,056,115 | 0 | A | C | 20.7% | 142.7 / 6.2 | 62 | G75G (GGT→GGG) | glnL | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with GlnG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/2); new base C (2/13); total (47/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGT > NC_000913/4055881‑4056347 | cTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATCCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCCCTTCGTTATCGGTAAAACCt > 1:1017083/1‑238 (MQ=255) ccgcgccACGTAAACGGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTACCGGATCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGGTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCAGCAATACGCTGGGCCGTCCCAGAAAGGTTATACAGGCGCCCGCGGCAGACCCGGGTCCCTTCGATACCGGAAAAACCtacccgc > 2:903190/1‑233 (MQ=255) tttttctctcCTGGGCCGCGCCGCGCACTTAACCGCGGGGAGCCACCTGTTGGGGGGGGGGTTGGTGTTCCCGAACTGAGGCGGCGTTGTTTTCCCACCGGAGCC‑TCCCCAGAAGGGTCCTTGCCGCCCGGATTCCGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGCGCCCCCGTCGAGGACCAGCGTCACTTCGTTGTCGGTAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTc < 2:1000804/233‑1 (MQ=255) ttttAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGa > 1:918680/1‑221 (MQ=255) aTGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGAGATTTAAt > 1:1000804/1‑238 (MQ=255) ccGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGAAGCt > 1:199528/1‑239 (MQ=255) ccGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCCCGTATTTTAATGGGAAGTAGcc > 1:534203/1‑238 (MQ=255) cgcACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTaaa > 1:979160/1‑239 (MQ=255) cgcACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGAAGCTCac > 1:868143/1‑238 (MQ=255) aaTCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATTCGAGCGCCAGTCGATGACAAGCGTCACTTCGTTCTCGGTAAACCCTTGCACCGCCTCCAGGCTTTCCTGCTTCAGCTCGTATTTTAATGGAAAGTAGccaaccaggtac > 2:934926/1‑228 (MQ=255) gggCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCCCAAAAGTTCCGGTAAc > 1:928321/1‑239 (MQ=255) gcagcaACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATCCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGGCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCACCGTCACTTCGTTCTCGGTCAAACCTGGCCCCGCCTCAAGCCTTTCTTGCTTCAGCTCGATATTTAATCAGAAGGAGCCCAACAGtgcagggaaagg > 2:751876/1‑228 (MQ=255) agcaACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAACGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTCCTTGCCTCACCTCCATCTTTAATTAACAGTATCCAAACCTTCCCGGTAActgg > 2:316124/1‑235 (MQ=255) gcaACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATAGTCGAGAGCCCGTAGATGACCATCGTAACTACGTTCTCGGGAAACCCTTGCCCCACCTCCCGACTTTCTTGCATCTCCACCATAATTAATAAAAAGTGACCCAACAGTTCCGGAAACAgtgt > 2:762661/1‑239 (MQ=255) tGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTTCg > 1:256158/1‑239 (MQ=255) ttCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAACACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCACCAGTTCCGGTAACGGTGTACCCAACCATTTTGGGGAGCTTTtgg > 2:931295/1‑239 (MQ=255) tG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGCTGACCAGCGTCACTTCGTAATCGGTAAAACCTCGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATAAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCGCAACAGTTCCGGTAAAGGTGAACCAAACAATTTACGGAGGCTTATGGCGa > 2:211235/1‑238 (MQ=255) aaGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCCCAACAGTTCCGGCAACGGGTTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAgttg > 2:54711/1‑239 (MQ=255) aaGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGAAATTTATTGGGAAGTAGCCCAACATTCCCGGTAACGGGTAACCAACCAATTTGCGGGGGCTTTGGGCGGCCAgttt > 1:611810/1‑238 (MQ=255) aGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACGGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGGGGGAGCTTTGGGCGGGCGgttgt > 2:407989/1‑239 (MQ=255) aGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCCCTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCCGCCTTTCTTGACTCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACCGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGGcagcaggttg > 2:199076/1‑235 (MQ=255) ggggttGGTTATCCAGCGGGCCCATCCCCAGCAGGAT‑CATGCCGCCCGGCATACGCTGGGCCGTCAAAGAAAGGATTGGCGAGCCCCCGTCGATGCCCAGCGTCACTTCGTTACCGGAAAACCCTGGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAgttgtt < 1:962346/232‑1 (MQ=255) cgcTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCCCTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGGGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAACCAATTTCCGGAAGCTTTGGGCGCGCAgttgttcgca > 1:707124/1‑235 (MQ=255) cgcTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGCAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGATTTGGGGGAGCAGttgttgggg > 2:730879/1‑236 (MQ=255) cTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGcgcg > 1:729690/1‑238 (MQ=255) tccctgcGGGGCCATCTCCAGTCGGAC‑CCTGCCGTCCGGAATTAGTGGGGCCGTCCAAGAAAGGATACGCGACCGCCCGTCGTCGCCAAGCGTCACTTCGTTATCGGTAACCCCTTGCCCCGCCTCCAGACTGTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGt < 2:912812/233‑1 (MQ=255) acccagggggcccATCCCCAGAGGGAA‑CAGCCCGCCGGGCACGCGGTGGCCCGTCACAAAAGGGATAGGCGAGCGCCCGTCGATGCCCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGt < 1:926469/228‑1 (MQ=255) cGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGCAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGGACTTTTGGCGGGAAGGTGTTGGGCGGCAgggggggggt > 2:156882/1‑232 (MQ=255) ccATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGCCCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCGGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTATTgg > 1:72864/1‑239 (MQ=255) ctcCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAACCAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGAGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATc > 1:360301/1‑238 (MQ=255) aTGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTACCGGTGTACCAAACAATTTCCGGGAGCTTTGGGCGAGCCGTTTTTTCCCGCCCGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGtatc > 2:374283/1‑235 (MQ=255) ccGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCCGGGTTGGCGTAATGGATCCCCA‑GGTTGTCATCgct > 1:342809/1‑237 (MQ=255) tCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGa > 1:898189/1‑96 (MQ=255) tCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTTGGCGAGAAGTTGTGGCGCGGAGGGGTTGGGGTAATGGATCGCCG‑GGTTGTCATCGATTaa > 2:873602/1‑239 (MQ=255) tCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGAACGCCA‑GGGTGGCATGGaaaaa > 2:404168/1‑235 (MQ=255) tCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGCAACGGGGTACCAAACAATTTGCGGGAGCCTTGGGCGCGCAGTTGTTGAGCGGCCAGGTTGGCGTAATGGTTAGCCA‑GGGTCTAATCGATTaa > 2:191457/1‑239 (MQ=255) tCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCACGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTGGTTACACGGCGGGGGTGGCGTAAAGGAACGCCAGGGTTGT‑ACCGATTaa > 2:920219/1‑239 (MQ=255) attcgcgGGGCCTGCACAAAAATGATATGCGGGCGGCCGGCGATGCCCAGCGTTACTTCGTTACCGGTAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACaaaa < 1:211235/235‑1 (MQ=255) atccggtGGCCCGACACAAAAGGCATATGCGCGCGCCTGTCGATGACCAGCGTCACTGCGTTACCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACaaaa < 1:954066/232‑1 (MQ=255) gCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAAAACGGTTaa > 1:805975/1‑238 (MQ=255) ttCACAAAAAGGATATGCGGGCCCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCTTTACCGGAAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAg < 1:404168/238‑1 (MQ=255) tccaaaaaaaGGATTTGCGTGCCTCCGTCGTTCACCCGCCCTCCGTTGTTCTCGATAAACCCTGCCCCCTCCCCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAGCAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAg < 2:12528/232‑1 (MQ=255) caacaGAAGGGATTTGCGAGCGCCCGTCAGTCCCCAGCGTCACTTCGTTTCGGGTAAACCTTTCCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGc < 1:903190/237‑1 (MQ=255) atGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATAAGCGAGTTGAGGATc > 1:823411/1‑238 (MQ=255) gAGCGCCCGTGGAGGCCCGGCTTCATTTCGTTAGCGGAAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGcc < 1:199076/238‑1 (MQ=255) gAGCGCCCGGCGGAGCCCAGCTTCACTTGGTTACCGGCAAACCTTTGCGCCGCCTCCAGGCTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGcc < 1:751876/238‑1 (MQ=255) cgcCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTACTGGATAGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATAAGCGAGTTGAGGATATTCCCCGc > 1:810765/1‑239 (MQ=255) cgcCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCggc > 1:764337/1‑181 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(MQ=255) gCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGGTTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCACCATCGGGCTGCGTg > 2:205061/1‑236 (MQ=255) cGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAATTACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGGGccgg > 1:856397/1‑237 (MQ=255) cGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCGGCATCGGGCTggtgg > 1:910416/1‑231 (MQ=255) cGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTg > 1:888148/1‑235 (MQ=255) tcctcTTCGTTTCCGATAAACCCTGGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGt < 1:513088/235‑1 (MQ=255) cTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑gg > 1:979483/1‑164 (MQ=255) cGTTAGCGGTAACACCGTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATa < 1:878997/239‑1 (MQ=255) tgttaaaacCCTTCCCCCGCCTCCAATCTTCTTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGGTGCGGTAACGGTGTACCAAACTATTTGCGGGATCTTTGGGCGAGCAGGTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAATCa < 2:72864/234‑1 (MQ=255) tCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGGTCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCa > 1:605851/1‑239 (MQ=255) cGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCTTAAAGCAg > 1:129075/1‑239 (MQ=255) ggTAAACCCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGt < 1:407989/239‑1 (MQ=255) | CTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTGCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGT > NC_000913/4055881‑4056347 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |