Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,268,202 | T→G | 6.5% | R363R (CGT→CGG) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,268,202 | 0 | T | G | 6.5% | 270.4 / 2.9 | 92 | R363R (CGT→CGG) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/47); new base G (5/3); total (42/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
GCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAAC‑GTGT‑GGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTT > NC_000913/4267970‑4268439 | gCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGCCCGACTACGTgaagaa > 1:299345/1‑239 (MQ=255) gcgccgAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAAtt < 1:85137/238‑1 (MQ=255) cgccgAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTTAGTTATACCGGTTTAAATGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGCAGAAttt > 1:258357/1‑239 (MQ=255) ccgAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGCAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGCTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGCCTACGTGAAGAGTTTgg > 1:847146/1‑239 (MQ=255) ccgAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAATTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTgg > 1:584124/1‑239 (MQ=255) ccgAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGAGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCCGGAATTGGTGAAGGCATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATCATCTCCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAATTCCCGCTCAGGTTGACCGCCACCTGGAAGAATTTgg > 2:41328/1‑239 (MQ=255) tgggggCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAAGGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAg < 1:81788/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |