| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,319,404 | A→C | 22.9% | V68G (GTG→GGG) | phnJ ← | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,319,404 | 0 | A | C | 22.9% | 116.4 / 2.1 | 57 | V68G (GTG→GGG) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/17); new base C (2/14); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319190‑4319635 | cGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCa > 1:592313/1‑238 (MQ=255) cTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATATCC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGGGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAACTTGCCAATCGACACGGCGTTGGTGTGCTCGTCCGCGCCCTGGTCAAACCCCTTCACCCCTCCGCTTTCGCCAATCaacccgccgg > 2:740126/1‑230 (MQ=255) cgcAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTGGCCAATTACGCTGGCGGTAAGCCGAAt > 1:304574/1‑239 (MQ=255) aGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGGTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCACTGCGCTTTCGCCAATCACGCTGGGGGTAAGCGGAAGgcc > 2:443833/1‑239 (MQ=255) gATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTccc < 1:658361/238‑1 (MQ=255) ggCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCCTCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATACCCCTGACGGTAAGCTGAAGGCCGCCGGTTCCCCacc > 1:526470/1‑236 (MQ=255) aTCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgcc < 1:238536/201‑1 (MQ=255) aTCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgcc > 2:238536/1‑201 (MQ=255) ggcggcgGTTGGGGGTT‑GCGGTGCCGGGTCTGGTTACCC‑GTCGCATCGTCCGTACCTTCCGTGGTGTTTTCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAGGTTGCGAATCGCCACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACgg < 2:592313/238‑1 (MQ=255) cgcggcgTTTGGGGGTTCGGGGTG‑CGGGTCGGGATACCC‑TCCGCGTCGGCCGGACGTTCCGGGTTGTTTACCCCGGTCACGCGCTGGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCGCCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACgg < 2:931957/238‑1 (MQ=255) gcgggctttCGGGGAT‑GCGGGGACGCGGTTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACgg < 1:555596/232‑1 (MQ=255) ggcgTTTCGGGGAT‑GCGGTGACGGGTCTGGATAACC‑GGCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACgg < 1:416053/236‑1 (MQ=255) 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aT‑GCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCACATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCCCCCAAAGGCACCTGGTAACCcgg > 1:798184/1‑239 (MQ=255) gCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAg > 1:260742/1‑187 (MQ=255) gCGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAg < 2:260742/187‑1 (MQ=255) cGGTGACGCGTCTGGATAACC‑GGCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGcgcccg < 1:603163/213‑1 (MQ=255) gcgctttcgtaTAACC‑GTGCCTTTGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCa < 2:204369/229‑1 (MQ=255) cgcgTCTGGATTACCTTTCGC‑TCGTTCGTTCGTTCCGGTGGGTTTGCCCGGGCCCCGGCCTTGAAGAAGTTGCAGATCGACCCGGCGTTGGTGTGTTCATCCGGGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAc < 2:284053/239‑1 (MQ=255) gcgtttgcgtAACC‑CTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAc < 1:992438/229‑1 (MQ=255) gcgttgggATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCCCGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAc < 1:64689/232‑1 (MQ=255) gcgTTTGGATAACC‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAcc < 1:671144/239‑1 (MQ=255) cc‑GTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCCTCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCCCCGCTTTTAAGCTg > 1:335030/1‑239 (MQ=255) 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ccGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGAt < 1:800050/238‑1 (MQ=255) ctttctttCCGGGGTGTTTGCCCCGGTCCCGCCCTTGAAGAATTTGCGAATCGACCCGGCGTTGGGGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCCCGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCa < 2:761870/233‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTCCGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCCCCTGTTAACCCGGGATCGCCCCCCCTTTTAAGATGGCGCGGCGGGTCATGCGTTTgg > 1:453897/1‑239 (MQ=255) 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NC_000913/4319190‑4319635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |