| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,126,514 | T→C | 18.0% | E226G (GAG→GGG) | wcaG ← | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,126,514 | 0 | T | C | 18.0% | 111.8 / 7.4 | 61 | E226G (GAG→GGG) | wcaG | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/16); new base C (3/9); total (35/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742 | ccccGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCCGCCCca > 1:1067623/1‑239 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aTTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCCCGCGGATAGTGCCGTCAACCCCCCTGCCGCGCTTAATGTGCGACAACACCGTCTGGGGGTTCCCCAGCCA‑ACATCACTTGCCCAGCCCCCAGACAAGAATGCTcgc > 2:1293222/1‑239 (MQ=255) cGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcgccgc > 1:1290154/1‑238 (MQ=255) cGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGGGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACACCATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcgcccc > 1:405383/1‑236 (MQ=255) 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< 1:587527/192‑1 (MQ=255) aGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCCGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGATCGCCCCCCCCCTATCCTCACCGTGCAGAAATTCGCGCTACGGTTTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGCCGCATCTCGTCCCGTCGCCTCGTGGAGCCCACCCACCAACGC‑TGGGCTCACATGGGCAttcaccggggagc > 2:1066818/1‑228 (MQ=255) gcaaGTCAACCCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTTTTCCCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAg < 1:387381/236‑1 (MQ=255) gTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGGGTACCGCTGCCCCATACCACCACGCCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCGTGGAAGCg > 2:587527/1‑192 (MQ=255) 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tccccagccagCCTTCA‑TGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 1:1004662/236‑1 (MQ=255) tccccagccagCCTTCA‑TGCCCCAGCCCCATGAAATGAATGCTCCCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 1:629549/236‑1 (MQ=255) tccccagccagACTTCA‑GGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGt < 1:510635/236‑1 (MQ=255) tcCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCCTCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAAAGC‑TGGGCTCACCAGCGCATTACTCGGGGGGAAGTAGTCGGGAGGCCCGGACAGTGTGGGCCGCGTCACCGGCCGGAAATCGGGTcc > 2:1162841/1‑239 (MQ=255) tcCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTAACGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGACGCGACGCAGCACAGC‑Tggg > 1:807059/1‑159 (MQ=255) agccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccacc > 1:399009/1‑102 (MQ=255) ccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTCGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGCCTGACCGGTAATCGCGTCCgg > 1:660013/1‑235 (MQ=255) ccagACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGAAGCAATCC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGGGGCAGTTGTCGGTGGGCCCGTAACGGGTGGGCGGCATGACTGGGCGGTAAAcgccgccggaac > 2:948204/1‑230 (MQ=255) ccagACTTCA‑GGCGCCAGGCCCATAAACGGAACGCCCCCCCCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACt < 1:455451/239‑1 (MQ=255) a‑TGCGCCAGCCCCGTGACATTATTGCTCGCAGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCAGCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCCCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGt < 1:1162841/239‑1 (MQ=255) | CCCCGCTTCCAGTGAGATTTCGTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGTAA‑CCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCG‑CCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCA‑TGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGC‑TGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGT > NC_000913/2126279‑2126742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |