| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,860,856 | A→C | 11.5% | T192P (ACT→CCT) | yidL → | AraC family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,860,856 | 0 | A | C | 11.5% | 318.8 / 2.4 | 137 | T192P (ACT→CCT) | yidL | AraC family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/50); new base C (5/14); total (70/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGAATTTACCCCCACCAGTATGATGGATATTCCCGTTGGTCAGCAAAGCGTTATTTATAATGGCGAAATTTATAATCAGGAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCA‑GT‑CGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAATTGCCACTTTACATGCCAGTCTGCAACAACGCTGGAGCGTAGCT‑GATATGGCTGCCACGATCCCCTGTAGCGAAGCCTGGTTGCGTCGTCTGTTTTTACGCTATACCGGCAAGACGCCGAAAGAATATTACCTCGATGCGCGTCTGGATCTGGCGCTATCGCTATTAAAGCAACAAGGAAACTCGGTTGGCGAAGTCGCTGATACGCTCAACTTCTTCGACTCCTTTCATTTCAGCAAAG > NC_000913/3860618‑3861090 | tgaATTTACCCCCCCCAATAAGTTTGAATGTCCCGTTGGTCAGGAAAGCGTTATTTATAATGGCAAAATTTAAAATCAGGAACTAACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCA‑GG‑CGCTTGTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTGTCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAATTGCCa < 2:1001119/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |