| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,509,880 | A→C | 14.2% | D84A (GAC→GCC) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,509,880 | 0 | A | C | 14.2% | 143.4 / 4.1 | 65 | D84A (GAC→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/7); new base C (2/10); total (48/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGG > NC_000913/2509655‑2510111 | tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGACTTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGGTTTTTAAC‑GCAAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCA‑GGACCAGCAC‑CCGCCTGTGa > 1:354332/1‑238 (MQ=255)tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGCATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGa > 1:377090/1‑238 (MQ=255)tgttgtTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTATGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCACCGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGAATTGCGGGGGGTTT‑GGTTTACCGTTCTAGCAAGGGCAATGCC‑AGACCAACCC‑CCGCCTGGGa > 2:276679/1‑238 (MQ=255) ttattaTCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAAcc > 1:860410/1‑236 (MQ=255) 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ggTCATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGCGGCCGGATAATTCGCTCCTGCACGTCA‑CTGTCGCCCTTGCGGGTGCCATTGGCGGCACTTGT‑TTACCCGTCTGCAAACGCCGGGAGGGGACCATTTTTGCCTCTTCCGGAACCAACggtga > 2:263442/1‑236 (MQ=255) tgaTGCC‑GGCCGAGCCC‑CCGCCTGGGACCCGCTGATCGGCCCACCGGGTCCGCCCTCTGCGCTCCCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCa < 2:524838/236‑1 (MQ=255) tccggCC‑GGACCAGCCC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCa < 1:27546/234‑1 (MQ=255) tcagtcc‑GGACC‑GACCGCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCTCCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGTCTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCa < 1:26623/233‑1 (MQ=255) ccagcgc‑GGACCAGCCC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCa < 1:596035/232‑1 (MQ=255) tGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCCTTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCACCCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGaa > 1:395883/1‑224 (MQ=255) ggcccAGCCC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTgg < 1:460169/236‑1 (MQ=255) gACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCa < 1:663067/183‑1 (MQ=255) gACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCa > 2:663067/1‑183 (MQ=255) | TGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGATGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATT‑CACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAAC‑GCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTT‑GGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCC‑GGACCAGACC‑CCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCTGGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCA‑ATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGC‑GCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGG > NC_000913/2509655‑2510111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |