| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,969,479 | T→G | 19.4% | intergenic (‑502/‑183) | rppH ← / → mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,969,479 | 0 | T | G | 19.4% | 153.3 / 4.3 | 79 | intergenic (‑502/‑183) | rppH/mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/30); new base G (15/3); total (46/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAG > NC_000913/2969245‑2969716 | gTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGTAGTTTCTTCGCACGTCAAGGCTTTAAATGGAAACAGGGTTGGAGGGTTTTCCCAGTTATCCCACCTTCTTTTGGATAAACTGgttgaa > 2:826525/1‑235 (MQ=255) tGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCTAGCTTTCTTGGGATACAATGGGGTAAggt > 1:459106/1‑235 (MQ=255) caatgtatggTAATTTTGGGAAGAAAAAAGAG‑AAGTCGGGGCCCAGGGTACCCCCTCCATGGAAGGGTTGGCGAAAGAACAACCAAAGACGGATTTAACCACAGAATGGGCCAATAAGGTAAGCGATGAAACACTAAAAACGGGAGTTTAGGCGCACGGCAAGGATGGTAATGGAAACAGGAGTGGAGGGTTTTCACAGTTATACCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATcc < 2:724779/228‑1 (MQ=255) ttACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGGGTAAGATCCTGtt > 1:718709/1‑239 (MQ=255) 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acCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCGTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCATATTTGGAAAACCCCTTGCAATTTTGCGCAAccc > 2:286960/1‑237 (MQ=255) ccTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCGGCTTTCTGGGGATAACATGGTGCAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAATCCGTTGCAGTGTTGCGCCACTCg > 1:33472/1‑239 (MQ=255) ctcATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTGACAGTTATCCCAGCTTTCTGGGGATAACATGGGGGAAGATTCTGTTTATTTTCCGTGAACAGCATTGGAAAACCCGTTGAAAGGGTGGGCAACTCGAta > 2:317909/1‑238 (MQ=255) 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1:540022/1‑197 (MQ=255) aaCCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGAACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATAtt < 1:789016/239‑1 (MQ=255) cACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCgg < 1:13416/239‑1 (MQ=255) atAAAAACTGGAGTTTCGTAGCACTTCAAGGGTAGAAATGGAAACAGTAGGTGAGGTTTTGCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGca < 1:418176/238‑1 (MQ=255) 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tAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCa > 1:293176/1‑239 (MQ=255) tAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTAAACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCa > 1:222228/1‑239 (MQ=255) attgtaaCAGTTTTGGTGGTTGTTCTCAGTTTTCCCAGGTTTCGATTGATAACTTGGTTTAAGATCCTGGTTATTTTCAGTTACCATATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCCACTCGATGACCGGCGAACTAAAAAGCAAGATAAATCAGAGAATTGAGCAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGAGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGa < 2:470464/234‑1 (MQ=255) 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tGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGTAACCTAAAAAGCACTATAAATCCGAGAATTGAACAACGCATATGGAAAAAGTTACCCTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGTGATCATGACATTTCCCAAcc > 1:553267/1‑238 (MQ=255) tttttCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGccc < 1:701289/238‑1 (MQ=255) atcTTTCTGTGGTTAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCGGTCACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGATGCGCAACGCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACATCGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGa < 2:662654/237‑1 (MQ=255) 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ggATAACATGGGTTAAGATCCTTTTTTTTTTCAGTAACCAGATTTTGAAAACCCGGTGGAGGGTTGGGCAACTCGATGACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAAGCAGAGAATTGAACACCGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTgaagaa < 2:635276/239‑1 (MQ=255) tgtAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGAGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCCGTTTGTTTTTTAATCAAGGAATCATGACATGTTCCAACCTAGCCCACGCCTCTCTCTTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAg > 1:407976/1‑238 (MQ=255) | GTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGATAACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAG > NC_000913/2969245‑2969716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |