Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,489,862 | A→G | 15.5% | S107P (TCC→CCC) | argD ← | bifunctional acetylornithine aminotransferase and succinyldiaminopimelate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,489,862 | 0 | A | G | 15.5% | 180.4 / 2.3 | 82 | S107P (TCC→CCC) | argD | bifunctional acetylornithine aminotransferase and succinyldiaminopimelate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/46); new base G (11/4); total (32/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCATCCATCACCGCTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCAGTTTAAAGGC‑GGTTTCGTTAGCTTCCGTGCCGGA‑GTTCATAAAC‑AC‑CACGCGTTCGGCAAACGTTGCCTCAATCAGTTTA‑CGCCCAAGACGCAGCGCCGGTTC‑ATTGGT‑G‑AAAACGTT‑ACTGATATG‑CCACA‑GA‑GTTTCGCC‑CTGGGTTTTTAACGCGTTCACCAGCGCAGGATGGCAATGGCCCAACGCCGTAACTGCAATGCCACCCGCGAAATC‑GACATACTCCTTGCCTTGCTGATCCCAGATTCGGCTGCCCT > NC_000913/3489626‑3490086 | atcatcCATCACCGCTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCAGTTTAAAGGC‑GGTTTCGTTAGCTTCCGTGCCGGA‑g < 1:622866/238‑1 (MQ=255) atccatcACCGCTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCATTTTAAAGGCGGGTTTCTTTATC‑TCCGCGCCGGG‑Gtgta > 2:292248/1‑236 (MQ=255) atccatcACCGCTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCAGTTTAAAGGC‑GGTTTCTTTAGCTTCCGTGCCGGA‑GTTCa > 1:757428/1‑239 (MQ=255) ccatcCCCGGTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCAGTTTAAAGGC‑GGTTTCGTTAGCTTCCGTGCCGGA‑GTTCATa < 1:273275/239‑1 (MQ=255) 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ATCATCCATCACCGCTTTCACTGCATGGAGATCGTTAAAGGGAACGTGGATGATGTCTGCCGGTTTCGGCCCAAAGCCGTCGGAATATTTTGGCTGCCCACCCACCGAAACGGTAAACAGCGAGCGACCATG‑AAAAGCGTTATGGAAGGCAATAATTTTGGTTTTGAACGGGCTATGACGCACACAGGCGTAATGGCGTGCCAGTTTAAAGGC‑GGTTTCGTTAGCTTCCGTGCCGGA‑GTTCATAAAC‑AC‑CACGCGTTCGGCAAACGTTGCCTCAATCAGTTTA‑CGCCCAAGACGCAGCGCCGGTTC‑ATTGGT‑G‑AAAACGTT‑ACTGATATG‑CCACA‑GA‑GTTTCGCC‑CTGGGTTTTTAACGCGTTCACCAGCGCAGGATGGCAATGGCCCAACGCCGTAACTGCAATGCCACCCGCGAAATC‑GACATACTCCTTGCCTTGCTGATCCCAGATTCGGCTGCCCT > NC_000913/3489626‑3490086 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |