| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,532,595 | C→A | 18.4% | intergenic (‑156/‑223) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,532,595 | 0 | C | A | 18.4% | 208.4 / 6.4 | 88 | intergenic (‑156/‑223) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/14); new base A (2/16); total (58/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATG‑TTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCG‑ATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCA‑TTCAGGAATGC‑GATTCCACT‑CACAATATTCCCGCC‑ATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGT‑AAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAA > NC_000913/3532358‑3532831 | gcagGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAAGCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATG‑TTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCG‑ATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCA‑TTCAGGAATGC‑GATTCCACT‑caca < 1:399407/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |