Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,966,914 | A→C | 14.2% | S166S (TCA→TCC) | rho → | transcription termination factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,966,914 | 0 | A | C | 14.2% | 204.4 / 3.5 | 86 | S166S (TCA→TCC) | rho | transcription termination factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/29); new base C (2/13); total (44/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGT‑GCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTCCGGAAGAAGTAACCGAGATGCAGCGTCTGGTAAAAGGTGAAGTTGTTGCTTCTACCTTTGACGAACCCGCATCTC‑GCCACGTTCAGGTTGCGGAAATG > NC_000913/3966677‑3967151 | ccgTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCACGCTGCACGCAAACTCCCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCCGGTACTGGACCTGGCATCa > 1:258331/1‑238 (MQ=255) tccacccTCCGCACTTGTAACACCATGTTGGGTAAAGTGCGGCCCCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCCGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCTACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTTAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCGCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTAt < 2:737274/234‑1 (MQ=255) cccccccACTGGTGTTCCCCTCTCTGGTAAGATTCCCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGGTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTc < 2:648200/233‑1 (MQ=255) cGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGACCGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGCCATAACACATCGGCCGTg > 1:471104/1‑238 (MQ=255) cGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTgg > 1:633302/1‑239 (MQ=255) gggagtACCATTTCAGTTAATATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTGAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAAGCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGc < 1:667748/233‑1 (MQ=255) ggTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCg < 1:863608/239‑1 (MQ=255) gggATACCATCCGTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCg < 1:23787/236‑1 (MQ=255) ttACCATTTGTGTTATAATTCTCCCTCCGAAAGAATGTGAACGCTAGTTT‑GCGCTGCTGAAAGGTAACGAAGTTAACTTCGACAACCCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGt < 2:113209/238‑1 (MQ=255) atcccttcttTGATAAGCTTCGCCCGTCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGt < 1:615673/233‑1 (MQ=255) 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ctctGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAACTGGAATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATtg > 1:437426/1‑239 (MQ=255) ctctGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGAAACGGTTCTACTGAAAATTTAACTGCCCGCGTACTGGATCTGGCATCCCCAATCGGCCGTGGTAAGCGGGGCCTGATtg > 2:427127/1‑239 (MQ=255) tatcatccccccgcaGAAAAAAGGGGAACGCTTTTTT‑GGGCTGTTAAAAGTTAACGAATTTAACTTCGACAACCCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCCCGTCTGCGTATGGACCGGGGTAACGGTTCTACTGAAAATTTAACGGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCa < 2:781740/229‑1 (MQ=255) aGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTAACGGTCGGGGTCAGCGGGGTCGGATTGTGGCAcc > 2:80938/1‑238 (MQ=255) cgcccgccGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTGGGGGTCAGCGTGGGCGGATTggggaccggcggaa > 2:846219/1‑229 (MQ=255) ccccgcgGAAAGAGGGGTAACCTTATTTT‑CTGTTTGTAAAAGTTAACGAAGTTACCTTCGAAAAACCAGAAAACGCCCGAAACAACATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCGGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCGGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGaaa < 2:786925/238‑1 (MQ=255) cccgccGAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTACCGGTTTGACTGAGGATTTAACTGCTCCGGTACTGGATCGGGCGTCCCCTACCGGGCGTGGTCGGCGCGGGCGGATGAGGGCACGCCCGAAAg > 2:588583/1‑239 (MQ=255) ccgAAAGAAGGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCgg > 1:79094/1‑239 (MQ=255) aagaagGTGAACGCTATTTT‑GCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAACCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACCCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTaa < 1:451607/238‑1 (MQ=255) 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tgAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCa < 1:80938/238‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACAATTTAACTCCGAAAACCCGAAAAACCCCCGAAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TACCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCGGCG‑‑TGGAACGTGGGAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCa < 2:740843/239‑1 (MQ=255) aGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACT‑TACCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCa < 1:310771/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |