| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 194,997 | C→A | 12.0% | A32E (GCA→GAA) | ispU → | undecaprenyl pyrophosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 194,997 | 0 | C | A | 12.0% | 267.2 / 3.2 | 111 | A32E (GCA→GAA) | ispU | undecaprenyl pyrophosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/37); new base A (2/13); total (60/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATAGTCTGCGCCATCTGATCGTAAGTAGTTGGCTTTATAAGGTCAGATATGCCGTGGTTTTACACGGCTTTTTTTTGTATAGGCTTCAGTATTCCTGAGTACCGTAAACCCTGTCAGGGAATAAAAAACGC‑GTGATGTTGTCTGCTACTCAACCACTTAGCGAAAAATTGCCAGCGCATGGCTGCCGTCATGTTGCGATCATTATGGACGGCAATGGC‑CGCTGGGCAAAAAAGCAA‑GGGAAGATTCGTGCCTTTGGGCATAAAG‑CC‑GGGGCAAAATCCGTCCGCCGGGCTGTCTCTTTTGCGGCCAACAACGGTATTGAGGCGTTAACGCTGTATGCCTTTAGTAGTGAAAACTGGAACCGACCAGCGCAGGAAGTCAGTGCGTTAATGGAACTGTTTGTGTGGGCGCTCGATAGCGAAGTAAAAAGTCTGCACCGACATAACGTGCGTCTGCGTATTAT > NC_000913/194772‑195231 | ataGTCTGCGCCATCTGATCGTAAGTAGTTGGCTTTATAAGGTCAGATATGCCGTGGTTTTACACGGCTTTTTTTTGTATAGGCTTCAGTATTCCTGAGTACCGTAAACCCTGTCAGGGAATAAAAAACGC‑GTGCTGTTGTCTGCTACTCAACCACTTAGCGAAAAATTGCCAGCGCCTGGCTGCCGGCATGTTCCATTCCTTATGGACGGCAAAGGC‑CGCTGGGCAAAAAAACAA‑agg > 2:331322/1‑239 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |