| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 209,270 | T→G | 18.8% | V217G (GTG→GGG) | accA → | acetyl‑CoA carboxylase, carboxytransferase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 209,270 | 0 | T | G | 18.8% | 171.2 / 2.9 | 75 | V217G (GTG→GGG) | accA | acetyl‑CoA carboxylase, carboxytransferase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/38); new base G (14/2); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACA‑GCACCTATTCC‑GTTATCTCGCCGGAAGGTTGTGCGTCCATTCTGTGGAAGAGCGCCGACAA‑AGCGCCGCTGGCGGCTGAAGCGATGGGTATCATTGCTCCGCGTCTGAAAGAACTGAAACTGATCGACTCCATCATCCCGGAACCACTGGGTGGTGCTCACCGTAACCCGGAAGCGATGGCGGCATCGTTGAAAGCGCAACTGCTGGCGGATCTGGC > NC_000913/209032‑209504 | gAAGGTTACCGAAAAACCCGTCTTCTGATTCAAATGGCGGAACGTTTTAAGATTCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGGTGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGt < 2:445791/239‑1 (MQ=255) tACCTCAAAGCACTGCGTCTGAGGGAAATGGCTGCACGCTTTAAGATGCCTACCATCCCCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGATCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAata < 2:136617/238‑1 (MQ=255) tACCGCAAAGCACTGCGTCTGAAGCAAATGGCTGAACGATTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTGCCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAata < 1:497555/238‑1 (MQ=255) cccacAAAGCACTTCTTTTGTTGCAAATGGCTGAACCGTTTAAGATGCCTTTCATAACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTAGCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTTCCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATAtg < 2:267519/235‑1 (MQ=255) 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tGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGAGAAAGGGATTATGCTGCATTACA‑g > 1:159516/1‑238 (MQ=255) ttgtttcAATTGGCTGAACGGTTTAAGATGCCTATCCTCACTTTTACCGACACCCCGGGGGCTTATCCGGGCGTGGGCGCAGAAGGGCGTCGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAAGTGCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACA‑GCACCt < 2:840110/232‑1 (MQ=255) cTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACCCCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACA‑GCACCTa < 1:846505/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |