| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,158,653 | T→G | 18.6% | V55G (GTG→GGG) | oxyR → | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,158,653 | 0 | T | G | 18.6% | 143.3 / 3.2 | 81 | V55G (GTG→GGG) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/38); new base G (14/3); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTG‑CGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAC > NC_000913/4158429‑4158875 | aTAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGCCCCGCCGTAAA‑Gggtt > 1:281099/1‑228 (MQ=255)aTAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑gtgct > 1:315384/1‑226 (MQ=255) 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> 2:510971/1‑228 (MQ=255) cATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCGTATCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGCAGATGAGCTGGGCGTGCTGTTGCTGGAGCGGACCACCCGTAAA‑GGGTTGTTACCCCa > 2:205467/1‑228 (MQ=255) ttCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGCCCCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTAACCCAGGCGGGaa > 1:495669/1‑228 (MQ=255) ccTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGCTGAGCGTGGCGTGATGTTGCTGGGGCGGACCACCCGTAAA‑GGGTAGTTCACCCCGGGGGGATtggtg > 2:559386/1‑228 (MQ=255) 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> 2:573263/1‑227 (MQ=255) gaccttgcGTGGGGATGGAGGATGGATAATGAAATTTCGTGATCTGGAGTACCGGGTGGCATTGGCTGACCACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGAt < 1:371592/219‑1 (MQ=255) ctttCGGGGCGATGGAGGATGATTAATGAATATTCGTGCTTTTGGTTCCTTGGTGGCATTGGCTGACCACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGgc < 1:439939/225‑1 (MQ=255) tCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGGGATGTTGCTGGAGCGGGCCACCCGTAAA‑GGGGTGTTCACCCAGGCGGGAAGTGTGCTGGGGGACAAGgcggg > 2:371592/1‑226 (MQ=255) 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> 2:611712/1‑228 (MQ=255) aTCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGCTGTTCCTGGGGCGGACCAGCCGTAAA‑GGGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCCGGTGAGTCAGGCGCGGACCCTGTCG‑GGGGAGGGGAAAGGCCTTAAAgaga > 2:310709/1‑228 (MQ=255) ccTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGGGATGTTCCTGGAGCGGACCAGCCGGAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAACGGTGCTGGGGGTGCAGGCGCGTACCGTGCTG‑CGGGGGGGGAAGAGCCTTAAagagcagggaaaccc > 2:525658/1‑217 (MQ=255) cTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGGATGCTGCTGGTGGACCAGGCGCGTACCGTGCCG‑CGTGGGGTGACAGTCCTTCAAGAGATGGCAAGcccg > 1:484983/1‑226 (MQ=255) 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< 2:230743/223‑1 (MQ=255) ccGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTG‑CGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac < 1:559386/227‑1 (MQ=255) aaa‑GTGTTGTTCACCCAGGGGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGGCGGTACCGTGCTG‑CGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 1:490018/227‑1 (MQ=255) aaa‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTG‑CGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 1:116499/227‑1 (MQ=255) | ATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGC‑TGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAA‑GTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTG‑CGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAC > NC_000913/4158429‑4158875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |