| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,700 | T→G | 20.8% | V407G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,700 | 0 | T | G | 20.8% | 162.1 / 4.7 | 74 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/44); new base G (17/2); total (28/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAG > NC_000913/4295475‑4295921 | gCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTg < 1:475059/227‑1 (MQ=255) gatttgccTTTCCATTTGGCAGGAAATCATTGTGGTTCTGACGCTGATGGTGTACTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAt < 2:577937/222‑1 (MQ=255) cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAt > 1:108057/1‑228 (MQ=255) ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAACGTGTTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTATTGCGGTGGCGGTGCTGGTGGT‑Tg > 1:585305/1‑228 (MQ=255) ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCGGGGGAT‑Tg > 1:194733/1‑228 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCCGGGGAT‑TGCCaaagtg > 1:67554/1‑224 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGCCTGGGGAT‑TGCCAAggtg > 1:577937/1‑225 (MQ=255) cTGGCAGGAAATCATTCTGGTTCTGACGCTGGTGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAac < 1:186552/227‑1 (MQ=255) aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGCATCCTCCACCTGGCGCGACCTCGGCTGCACGGGGTGGGTAGTCGGCTGCCGGGGAGGGGGATACGACAAGT‑GGAACACa‑aaa > 2:85010/1‑227 (MQ=255) 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gTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATc < 1:618741/227‑1 (MQ=255) tgtTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAT‑TGCCCAGTGGGGACACA‑AATTTGACCGGAATAAAGCGCTGGCTTCTAAGCGTGAGAGGCTGGGGAAATTTG‑ATAAAAATGGGAGTCaaaaatgta > 2:58108/1‑225 (MQ=255) ttGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGCCGGGGCTGGGGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTGAGGAAGCGCTGGGTGATGAACGTGAAGTGCCGGGCAAAATTG‑ATAAAACTGCGGATCAACAATTAAAg > 2:32237/1‑228 (MQ=255) 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cgcTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCCGGGGAT‑TGCCAAGGGGGAACACA‑AATTTGACCGGAAGAAAACGCTGGCTTATGGACGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑GTAAAACTGCGGATCAATAACTGAAGAATGCCGGGGATATCCACACAGCAATGGGTAAAAGCCTGATAGGAACATGTCCCCGCCTTATCAGGCCTCGGCCAAACACCGCCAAAGccc > 2:484310/1‑227 (MQ=255) tggGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTg < 1:563983/227‑1 (MQ=255) gTAATGCGCTGGCGGAGCTGGGGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCCGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑GTAAAACTGAGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGGGGGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGCCTTATCAGGCCTACCCCCCACAGCGCAATAACCCGATTTAgggggaatt > 1:380277/1‑220 (MQ=255) tGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGAAATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATTGGACGCTTGCCGCGTCTTTTCAGGCCTACGCCAGACAACGCAAAAGCCCGGTTTACGGGGATTTTTTa > 1:170208/1‑228 (MQ=255) cgcTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAgg < 1:54240/228‑1 (MQ=255) ggCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTTAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTTGAGATTTCCGGGGATATTCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGCCTTATCAGGCCTTCCCCATACCGCCCAATAGGCCGATTTTGCGGTGTTTTTTAGGTTgg > 2:115430/1‑228 (MQ=255) 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GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAG > NC_000913/4295475‑4295921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |