| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1426168 = | 99 (1.220) | 5 (0.060) | 5/404 | NT | 5.0% | intergenic (+86/‑286) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage;Phage or Prophage Related/Rac prophage; pseudogene, tail protein family;Phage or Prophage Related; putative alpha helix protein |
| ? | NC_000913 | 1426189 = | 97 (1.250) | intergenic (+107/‑265) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage;Phage or Prophage Related/Rac prophage; pseudogene, tail protein family;Phage or Prophage Related; putative alpha helix protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGCCCAGGGTAAAGAGCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1425932‑1426391 | agCCCAGGGTAAAGAGCAGCAAAAGCAGGAGACGATAAAAATGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTgcctttgccttt < 1:822570/238‑1 (MQ=255) accgcgaagtgggtttcaggcgacataatagtagatatagcgattacgaggccacgcaatgcttttctccaggagcatcatcgatttaattaaagacaccatcacatctctgtaacagagtgtacgtaattaacaactacacacactgctcctgaaaatactggtcatccattccaaaaatacctgcttcaaattcatcgccctacatcaataccggaagagaggctaaatattcattt < 2:439712‑M1/3‑1 (MQ=255) ggaagttggtttcaggggacataatagtagatatagcggttacgaggccaagcaatgcttttctccaggagcatcatcgatttaattaaagacaccatcacatctctgtaacagagtgtacgtaattaacaactacacacactgctcctgaaaatactggtcatccagtgcaaagatcactgcttcaaattcatcgcgctcaatcaataccggatgagtggctaaatattcaTTTAtct > 1:651311‑M1/233‑239 (MQ=255) agagCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACaga > 1:971225/1‑239 (MQ=255) agagCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACaga > 1:922745/1‑239 (MQ=255) gCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAata > 1:526430/1‑239 (MQ=255) aTACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGGGCCTTTGCCTTTATTCCTGACAGAGATAAATGAATATTTa > 1:246824/1‑238 (MQ=255) tAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTAGCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCAc < 1:174623/237‑1 (MQ=255) 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ttgttgTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTCCAGAGATGTGATGGTGTCTttaatta > 1:584890/1‑239 (MQ=255) tgttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGCCCAGTATTTTCAGGAGCAgt > 2:547064/1‑180 (MQ=255) tgttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt < 1:547064/180‑1 (MQ=255) aTTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGGGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGc > 1:860674/1‑238 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTgg > 1:653234/1‑238 (MQ=255) gTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGGCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGcc < 2:774822/239‑1 (MQ=255) tcaataccggatgagtggctaaataatcaTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt > 1:906181‑M1/30‑142 (MQ=255) tGCTGGAATGGCTGGGGTTCCTTTGCCTTTAACTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatga < 1:679802/207‑1 (MQ=255) 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CGCCCAGGGTAAAGAGCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1425932‑1426391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |