Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,720,129 | 0 | C | T | 13.4% | 191.4 / 4.1 | 77 | S85F (TCT→TTT) | slyB | outer membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/43); new base T (9/2); total (32/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGTTGTTTCAATGGTAGGTCTGTCTCTTGTCGGTTGTGTTAATAACGACACCCTGTCAGGGGATGTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTAT‑GGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT‑GGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGG‑CTACTGCAGCAGGCGCTGTTGCA‑GGTGGCGTAGCTGGTCAGGGCGTACAGAGTGCAATGAACAAAACGCAGGGTGT‑CGAGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAAT‑ACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTC > NC_000913/1719892‑1720361 | tGGTTGTTTCAATGGTAGGTCTGTCTCTTGTCGGTTGTGTTAATAACGACACCCTGTCAGGGGATGTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTAT‑GGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT‑GGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtct < 1:809502/239‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gttcttttggttggGGAACCGGGCGTTTTCGTG‑CTCTTGCAGCGGGGGCTGTTGGA‑GGTGGCGTAGCTGGTCATGGCGTACAGAGTGCAATGAACAAAACGCAGGGTGT‑CGAGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAAT‑GCCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCcgcg < 2:1048438/232‑1 (MQ=255) attcTGGTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTTAGG‑CTTCTGCAGCAGGCGCTGTTGCA‑GGTGGCGTAGCTGGTCAGGGCGTACAGAGTGCAATGAACAAAACGCAGGGTGT‑CGAGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAAT‑ACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCcgcg < 1:1030386/235‑1 (MQ=255) tACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGG‑CTACTGCAGCAGGCGCTGTTGCA‑GGTGGCGTAGCTGGTCAGGGCGTACAGAGTGCAATGAACAAAACGCAGGGTGT‑CGAGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAAT‑ACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGGGTCGTCCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGGGACCGTTTCTCCGCGCt > 1:438345/1‑239 (MQ=255) 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TGGTTGTTTCAATGGTAGGTCTGTCTCTTGTCGGTTGTGTTAATAACGACACCCTGTCAGGGGATGTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTAT‑GGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT‑GGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGG‑CTACTGCAGCAGGCGCTGTTGCA‑GGTGGCGTAGCTGGTCAGGGCGTACAGAGTGCAATGAACAAAACGCAGGGTGT‑CGAGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAAT‑ACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTC > NC_000913/1719892‑1720361 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |