| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,145,868 | A→G | 16.2% | E868G (GAG→GGG) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,145,868 | 0 | A | G | 16.2% | 200.5 / 7.1 | 82 | E868G (GAG→GGG) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/43); new base G (11/3); total (36/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCC > NC_000913/2145632‑2146103 | tGACTTTCGTTTTAAATGGGAAGGCCGTGTGCAACGGGGAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGCCAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAgaga < 2:721255/239‑1 (MQ=255) gACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGaa < 1:982746/239‑1 (MQ=255) tatGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCTTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAAGGAAT‑CCGTTgaggat > 1:626983/1‑238 (MQ=255) tatGGGAAGGCCGTGGGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGatgatg < 1:916059/239‑1 (MQ=255) aaGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGGGCCGGTTTACGAACCGCAGCAACCTGCCGCACCTAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGA‑GTAAAGTGGCGGGGTGATTCAAAAGGAC‑AAGTtgatgtggacgggg > 2:957028/1‑230 (MQ=255) ggCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGCTGAACAGTGGC‑GGATGGTTAAAAGAAAT‑CAGTTGTGGGAGCTCGccc > 1:1031789/1‑238 (MQ=255) tgtgCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGGTTAAAGAGAAT‑ACGTTGGTGATGTTCGCCCACgggg > 1:693686/1‑237 (MQ=255) gtgCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACATTGGC‑GGATGATTAAAGGGAAT‑CAGTTGGTGATGCTGGCCCACgggg > 1:1075549/1‑236 (MQ=255) aGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCa < 1:810942/238‑1 (MQ=255) gggCCAGTGCCCGGATTTCCTTGATTGATGACAACAATCAGCAGGCGGCAGAAGTGATGGCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACg < 1:674036/236‑1 (MQ=255) gTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGTTGATTAAAGGGAAT‑CAGTTGATGATGCTCCCCCACGGTGGCCCTTCG‑CCCCgg > 1:688703/1‑239 (MQ=255) ccAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCCCATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGCTGATTTAAAGGAAT‑CGAGTGATGATGCTGGCCCCCGGTTGCGCTTCG‑CCCCgggt > 1:1082035/1‑236 (MQ=255) aGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGCTGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGGGTCGCTTTG‑CCACGGAcccc > 1:125787/1‑239 (MQ=255) 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ggCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGGGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGGAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGGGTTGCGAAGGCGGGatta > 1:60469/1‑239 (MQ=255) tgaatacGCCTTTTAGGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATtg < 1:430830/233‑1 (MQ=255) atatCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGTGAAGGCGGGATTATtgat > 1:227406/1‑239 (MQ=255) atCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTTACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACtt < 1:626775/204‑1 (MQ=255) tCGCCTGTTATGCCTACAAAAATGGGGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGA‑GATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGaac < 1:812685/239‑1 (MQ=255) gCCTGTTATGCCTCCAAAAAGGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGC‑GGATGATTAAAGAGAAT‑CAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGCTTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGaaca < 1:82601/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |