| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,145 | A→G | 13.9% | I206V (ATT→GTT) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,145 | 0 | A | G | 13.9% | 161.2 / 2.6 | 68 | I206V (ATT→GTT) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/32); new base G (8/2); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTGCGCTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGT > NC_000913/4142913‑4143380 | tCTGCGCTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGc < 1:156968/238‑1 (MQ=255) 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gTCCTGTTAACAAGGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATCCCGTGGGGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTACCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCt < 1:928908/238‑1 (MQ=255) gTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCt < 1:729739/103‑1 (MQ=255) gTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCt > 2:729739/1‑103 (MQ=255) gTCCGGTTAACAAAGGGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATCCCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCt < 1:848740/238‑1 (MQ=255) cgtttAACAAATTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCgt < 1:111619/236‑1 (MQ=255) cGGTTAACAAAGTGGCCTTTGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATCCCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCgt < 1:421429/239‑1 (MQ=255) cGGTTAACAAAGGGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCgt < 1:93076/239‑1 (MQ=255) aaGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTGGCGTTGCTCGGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCAttcct < 1:625021/239‑1 (MQ=255) tGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCGGG‑GTTGGCGTTACGGAAGGGGAGAGTCCTTTCGCCGCTGCCGGTCCCCTGCGTGTGCttccttga > 2:492693/1‑237 (MQ=255) tGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTCG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGACCGCGAAACCGGCAAAGAGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGCCGTTCCTAGAGGGCCGCTTCCTTTTGCCGGTGCCGATCCGCGGCGTGTCAtccttgcc > 2:630912/1‑232 (MQ=255) gCC‑TTCATGCTGTTTTTCGGTGCTAAGGGGTTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGt < 1:630912/239‑1 (MQ=255) gCC‑TTCATGCTGGTTTGCGTTGCTCAGGGGGTTAATGCCGGGGTGG‑CCATCGTGGCCGGGGGTATTTGTAGCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGt < 1:237526/239‑1 (MQ=255) gCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTAAGGGTTTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGt < 1:32944/239‑1 (MQ=255) tCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGaa > 1:629938/1‑179 (MQ=255) cTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGGTACGGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCGGCGGGCCATGCCTTCCATCATGGTCGGGTCGGt > 2:32944/1‑239 (MQ=255) aTTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGt > 2:614546/1‑164 (MQ=255) aTTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGt < 1:614546/164‑1 (MQ=255) | TCTGCGCTCGGTGATGCCTATCTTCATTATTCCTATCGTCGGCACACTGATTACCGCAGGCATCATGATGTGGGGCTTGGGCGAGCCTGTAGGGGCGTTGACCAACAGCCTGACTCAGTGGCTTCAGGGGATGCAGCAGGGCAGCATTGTTATGCTGGCGGTGAT‑CATGGGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGC‑GGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCC‑TTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGG‑CCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGT‑GTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGT > NC_000913/4142913‑4143380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |