| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,853,016 | A→C | 10.2% | H294P (CAC→CCC) | hypD → | hydrogenase maturation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,853,016 | 0 | A | C | 10.2% | 374.8 / 2.9 | 163 | H294P (CAC→CCC) | hypD | hydrogenase maturation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/64); new base C (8/20); total (77/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCGAGTGGTACCGGATGCCGGTAACCTGCTGGCGCAACAGGCGATTGCCGATGTGTTCTGTGTCAACGGCGACAGCGAATGGCGCGGCTTAGGCGTGATTGAATCTTCTGGCGTGCACCTGACGCCGGATTATCAACGATTCGATGCCGAAGCACATTTCCGCCCGGCACCGCAGCAGGTCTGCGATGACCCGCGCGCGCGTTGTGGTGAGGTATTAACGGGCAAATGTAAGCCGCATCAATGCCCGCTGTTTGGTAACACCTGTAATCCTCAAACCGCGTTTGGTGC‑GCTGATGGTTTCCTCCGAAGGAGCGTGCGCCGCGTGGTATCAGTATCGTCAGCAGGAGAGTGAAGC > NC_000913/2852779‑2853253 | ccAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCGAGTGGTACCGGATGCCGGTAACCTGCTGGCGCAACAGGCGATCGCCGATGTGTTCTGTGTCAACGGCGACAGCGAATGGCGCGGCTTAGGCGGGATTGAATCTTCTGGGTTGCa > 1:218875/1‑238 (MQ=255) 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aTTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCGAGTGGTACCGGATGCCGGTAACCTGCTGGCGCAACAGGCGATTGCCGATGTGTTCTGTGTCAACGGCGACAGCGAATGGCGCGGCTTAGGCGTGATTGAATCTTCTGGCGTGCACCTGACGCCGGATTATCAACGATTCGATGCCGaa > 1:1199836/1‑238 (MQ=255) ttGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCGAGTGGTACCGGATGCCGGTAACCTGCTGGCGCAACAGGCGATTGCCGATGTGTTCTGTGTCAACGGCGACAGCGAATGGCGCGGCTTAGGCGTGATTGAATCTTCTGGCGTGCACCTGACGCCGGATTATCAACGATTCGATGCCGAAGCCCATTTCCg > 1:426556/1‑238 (MQ=255) tGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCGAGTGGTACCGGATGCCGGTAACCTGCTGGCGCAACAGGCGATTGCCGATGTGTTCTGTGTCAACGGCGACAGCGAATGGCGCGGCTTAGGCGTGATTGAATCTTCTGGCGGGCACCTGACGCCGGATTATCAACACTTCGATGCCGAAGCACATTTCCGc > 1:924144/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |