Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,932,686 | T→C | 10.6% | S457S (TCT→TCC) | kup → | potassium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,932,686 | 0 | T | C | 10.6% | 209.8 / 2.2 | 92 | S457S (TCT→TCC) | kup | potassium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/36); new base C (7/4); total (51/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTATTCTCTCGACTACCGTGGCACGTCAGAACTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGT‑CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCG > NC_000913/3932451‑3932921 | tttttCTCTCGCTTACCGTGGCCCGTCAGACCTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTGTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTg < 2:1144087/236‑1 (MQ=255) tATTCTCTCGACTACCGTGGCACGTCAGAACTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGCCGGTTGCATTGACCTGGGAACCCCCTgg > 1:1363822/1‑239 (MQ=255) tATTCTCTCGACTACCGTGGCACGTCAGAACTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑CAC‑TGTGATGTTTATCTTGATTACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGGGTTTCCGCTTCCTGCTGCGGTTTCCTGGAAATTGTAACTGTCTgg > 1:1141473/1‑239 (MQ=255) ttCTCTCGACTACCGTGGCACGTCAGAACTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGCAGCATGGACATGGGAACCCTCTGGag > 1:832825/1‑238 (MQ=255) tGGCACGTCAGAACTGGCAATGGAATAAGTTTTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCg < 1:503583/239‑1 (MQ=255) gcccGTTAGAACTGGCACTGGAATAATTTTTTTGTTGCGCTGTTCCCGTTTGCTTTCCTTTTTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCt < 2:82779/236‑1 (MQ=255) gCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGTATGAACAGGGGAACCCTCTGGAGA‑CCATGATGTCGTCGCTGGGGAAAACAccc > 2:85547/1‑237 (MQ=255) gCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAAtacccg > 1:904883/1‑233 (MQ=255) tttGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGCTGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGACTCTTCGCGTGccccg > 1:890352/1‑237 (MQ=255) tttGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCgg > 1:1248518/1‑239 (MQ=255) 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t‑cCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCCACGT‑CATTCCCTTTGCGCTGATGCCTAACCTTAAAcctggctctta > 1:1058014/1‑229 (MQ=255) gCCATTGGGCCCGGG‑TAC‑TGTGATGTTTTGCGTGATGCCCACCGGGAAGG‑‑GCGGGGGTTCCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGT‑CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCggg < 1:1060169/239‑1 (MQ=255) ctttGAGCCTCGG‑TACTTGTG‑TTTTTATCGGGATTCCCCCTGGGAAGG‑‑GGGGGCTTTCCCGTTTGCTGGGGGGAATGCATGAACAGGGTAACTTCTTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGT‑CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTg < 1:220252/237‑1 (MQ=255) 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CTATTCTCTCGACTACCGTGGCACGTCAGAACTGGCACTGGAATAAGTATTTTGTTGCGCTGATCCTGATTGCTTTCCTTTGTGTCGATATTCCATTGTTCACCGCTAACCTCGATAAACTGCTCT‑CCGGCGGCTGGTTGCCATTGAGCCTCGG‑TAC‑TGTGATGTTTATCGTGATGACCACCTGGAAGA‑‑GCGAGCGTTTCCGCTTGCTGCGGCGGATGCATGAACATGGTAACTCTCTGGAAG‑CGATGATTGCTTCGCTGGAGAAATCACCGCCTGTTCGCGTGCCCGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGT‑CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCG > NC_000913/3932451‑3932921 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |