| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,011,698 | T→G | 12.1% | V208G (GTG→GGG) | yigM → | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,011,698 | 0 | T | G | 12.1% | 398.0 / 5.9 | 159 | V208G (GTG→GGG) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/78); new base G (24/2); total (79/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCACCAACAGCCGCACTGGCCAACGTTTATTACAGGCGCGCTGGTGATCCTGGCCTCACTGTGGGTGCATCGTAAGTGGGTCGCTCCGCGCTCTTCACAAAC > NC_000913/4011460‑4011935 | tgCTATGTTACGGTCACCTCCCTTTTCTGGTCTGGGTTGCTGGTGGTGCAACCTTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGgt < 2:1202357/238‑1 (MQ=255)ccctttggtCAGGTCCCCGACCATTTCTGGGATGGCTTGGTGCTGGTGCAACCCCCCAATATCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGgt < 2:1021517/231‑1 (MQ=255) tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTTTGGGGtt > 1:1191646/1‑239 (MQ=255) tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGGGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAACCCACGCTGCAATGGGGCATTATGGTGtt > 1:1232515/1‑239 (MQ=255) 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ttGCCGCTGGTGCAACCCTCCAATACCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 1:1291446/238‑1 (MQ=255) ctggtgggtcAACTCTCCAATATCCTTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAG‑AAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTAtg < 1:36176/230‑1 (MQ=255) ggTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCTTTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGGTTCCGGGATTGGCCACTTTTTGTGGa > 2:1251121/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |