| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,246,567 | A→G | 10.7% | intergenic (‑148/‑217) | malE ← / → malK | maltose transporter subunit/maltose ABC transportor ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,246,567 | 0 | A | G | 10.7% | 254.0 / 2.1 | 105 | intergenic (‑148/‑217) | malE/malK | maltose transporter subunit/maltose ABC transportor ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/53); new base G (11/2); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGATCTCTGTTACAGAATTGGCGGTAATGTGGAGATGCGCACATAAAATCGCCAC‑GATTTTTGCAAGCAACATCACGAAATTCCTTACATGACCTCGGTTTAGTTCACAGAAGCCGTGTTCTCATCCTCCCGCCTCCTCCCCCATAAAAAAGCCAGGGGGTGGAGGATTTAAGCCATCTCCTGATGACGCATAGTCAGCCCATCATGAATGTTGCTGTCGATGACAGGT‑TGTTACAAAGGGAGAAGGGCATGGCGAGCGTACAGCTGCAA > NC_000913/4246333‑4246804 | ttcGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACCCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGTTCCCTGTTACAGAATTGCGGGTAATTGGGGGATg > 2:1150222/1‑239 (MQ=255) 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agaTGCGCACATAAAAGCGCCAC‑GATTTTTGCAAGCAACATCACGAAATTCCTTACATGACCTCGGTTTAGTTCACAGAAGCCGTGGTCTCATCCTCCCGCCTCCTCCCCCATAAAAAAGCCAGGGGGTGGAGGATTTAAGCCATCTCCTGATGACGCATAGTCAGCCCATCATGAATGTTGCTGTCGATGACAGGT‑TGTTACAAAGGGAGAAGGGCATGGCGAGCGTACAGCTGCaa < 1:168336/238‑1 (MQ=255) | TTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGATCTCTGTTACAGAATTGGCGGTAATGTGGAGATGCGCACATAAAATCGCCAC‑GATTTTTGCAAGCAACATCACGAAATTCCTTACATGACCTCGGTTTAGTTCACAGAAGCCGTGTTCTCATCCTCCCGCCTCCTCCCCCATAAAAAAGCCAGGGGGTGGAGGATTTAAGCCATCTCCTGATGACGCATAGTCAGCCCATCATGAATGTTGCTGTCGATGACAGGT‑TGTTACAAAGGGAGAAGGGCATGGCGAGCGTACAGCTGCAA > NC_000913/4246333‑4246804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |