| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 429,830 | T→G | 14.1% | V109G (GTG→GGG) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 429,830 | 0 | T | G | 14.1% | 298.3 / 4.3 | 116 | V109G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/65); new base G (19/3); total (48/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTG‑GTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGC‑TGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTT > NC_000913/429593‑430066 | ttGGTCTGTTTTTTATCTGTGCTTGCGTTATTATGGGCGTGCGGGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCCCCGGTG‑GGACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAAGGCGTGATGGATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGgtg < 2:261410/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |