| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,452,852 | A→G | 30.3% | G94G (GGA→GGG) | ytfT → | putative sugar ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,452,852 | 0 | A | G | 30.3% | 46.1 / 2.3 | 30 | G94G (GGA→GGG) | ytfT | putative sugar ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/14); new base G (6/4); total (12/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGCTGGTAGCACTATTGCTGGTGCTGCTGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAG > NC_000913/4452639‑4453085 | gCAGCTGGTAGCACTATTGCTGGTGCTGCTGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑cg < 1:732110/239‑1 (MQ=255)gCAGCTGGTAGCACTATTGCTGGTGCTGCTGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑cg < 1:164789/239‑1 (MQ=255) gctgctGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGGTGGGTATTTCCCGGACGCCAACGGCTTCGGATA‑CGGT‑CGCCGGGCTAAGCCTGCCGGttgtgt > 1:296375/1‑237 (MQ=255) gctgctGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGAAGGATATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGGGTA‑CGGT‑CGCGGGGTTAGGCGTGCCGAtttttt > 1:983888/1‑239 (MQ=255) gctgctGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGGGATGGCCATCGCCGGGGCCCCAACGGCTCCGGTGA‑CGGT‑CGCGGGGTTCCGCCTGCCCAttgttt > 1:486295/1‑239 (MQ=255) 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cGCCGGAGCCACAACGGCTGGGATGA‑CGGT‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCa < 1:1263133/239‑1 (MQ=255) cGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCCCCGCCGGGCAGACCGTCCCGTTTAACCCGCCGGATTCTTCATGGTTCgccc > 1:767622/1‑236 (MQ=255) cGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCa > 1:887306/1‑239 (MQ=255) gacGGAGCCACACCGGTTGCGATGA‑CGGC‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTCTTGTTAATCGTCCTTGGCACCGGCATCCGGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAg < 1:25929/237‑1 (MQ=255) | GCAGCTGGTAGCACTATTGCTGGTGCTGCTGGTCGATAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTG‑TTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGA‑CGGT‑CGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATG‑GTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAG > NC_000913/4452639‑4453085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |