| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,485,026 | T→C | 12.8% | E309G (GAG→GGG) | pepA ← | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,485,026 | 0 | T | C | 12.8% | 123.1 / 2.8 | 58 | E309G (GAG→GGG) | pepA | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/27); new base C (4/4); total (26/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
AGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTCGT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATCCC > NC_000913/4484789‑4485258 | aGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGCCGATAGGCTCGT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCCGTTTGAGCt > 1:1309048/1‑238 (MQ=255) 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acgcgtaTAAC‑GTTAATCGGCCGTTGAAGCTCCACGACCATCCGCAACACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCACGCACATATCGTACTTCATCGCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgacc < 1:799495/233‑1 (MQ=255) tcgttAAC‑GTTATCCGGCGGTTGTAGCTCCGCGCCCATCCGCATCACGCCGTAACCCCCT‑GCCGCCCCCCCCATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 2:72624/235‑1 (MQ=255) ccgtaacagTTAATCGGCCGTTGACGCCCCCCCACCACCCCCACCCCGCCGTAACCCGCT‑GCCGCACCGCACATTTCGTACTTCAGCCCGTCCATGCCTTCGGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCGTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 2:1033229/231‑1 (MQ=255) cGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGAACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTCCGAACCCTgaccgac > 1:623475/1‑238 (MQ=255) cGATAAA‑GTTAATCGGCAGTTGTAGTCCCGCGACCCTCCGCATCACGCCGTAAACCGGT‑GCCGCACCGCACATATCGTAATTCATCCCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 1:1247278/238‑1 (MQ=255) ggtAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGGT‑GCCGCACCGAACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGaccgaccg < 1:1071804/237‑1 (MQ=255) gATAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTCCGCGACCATCCGCATCCCGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGaccgaccg < 1:926985/239‑1 (MQ=255) tAACCGGCAGTTTTACCTCCGGGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCC‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCCGACCGGCCGCCAGATa < 1:1002150/238‑1 (MQ=255) ttgccgCTCCGCAGCCATCCGCCTCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCCCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATcc < 2:1212176/234‑1 (MQ=255) tggaGCCCCCCGACCATCCGCATCACGCCTTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATccc < 1:801001/236‑1 (MQ=255) | AGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTCGT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCGCCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATCCC > NC_000913/4484789‑4485258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |