| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,632 | G→T | 13.2% | C23F (TGC→TTC) | ybbY → | putative uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,632 | 0 | G | T | 13.2% | 361.8 / 10.8 | 126 | C23F (TGC→TTC) | ybbY | putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/77); new base T (16/2); total (47/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑GGTTAAGGTGTGTTTATG‑TTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAA‑GCCTGTTATCAGGATTTCAGT‑GGTTTTTCTTTA‑TTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCA > NC_000913/540395‑540868 | tccATTGGGGCACGTATCACGAAAATCAACTTACGTGGTGATTGGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑GGTTAAGGTGTGTTTATG‑TTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAA‑GCCTGTTATCAGGATTTCAGT‑GGTTTTTCTTTA‑TTTTTTg < 1:518518/237‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) a‑TTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACttt > 1:119152/1‑40 (MQ=255) a‑TTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACttt < 2:119152/40‑1 (MQ=255) tGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGGCGGGAACCATCCTTACTATAACCCTTGGGTAAGCATCGCGCGGGAAACCGGCCAACGATATCCccacca > 1:962302/1‑238 (MQ=255) | ACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑GGTTAAGGTGTGTTTATG‑TTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAA‑GCCTGTTATCAGGATTTCAGT‑GGTTTTTCTTTA‑TTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCA > NC_000913/540395‑540868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |