| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,136,671 | T→G | 12.7% | V133G (GTG→GGG) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,136,671 | 0 | T | G | 12.7% | 300.8 / 2.7 | 127 | V133G (GTG→GGG) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/59); new base G (21/3); total (65/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGT‑TGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCAACTTAACGACGAAGATTTCAGCATGGCGCAGCAAATCGCTGACACCATCAACCGCGTGCGTGGATATG > NC_000913/1136435‑1136904 | gACGCCGTTTACAACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATAGATGTGGAGGTTTCTTCCATGGGAAGTGCCAAAAGCTTGGGGGGGGGTACGGTAT‑GGATGTAACCGCTTACGGGCGGAGACCGAAAGgtgt > 2:83731/1‑239 (MQ=255) ccttttCCCCACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTCCCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGT‑TGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg < 2:1036592/237‑1 (MQ=255) cGTTTACCACCAAAACGCTTAATAACATGCTATCACAGCTGGGAAGTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGT‑TGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg < 1:754461/239‑1 (MQ=255) gTTTACCACACAAACGCTTAATAACATGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGT‑TGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGCCAGTCAGGGGTTTgcgc > 1:969048/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |