| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,213,890 | A→T | 12.2% | I57K (ATA→AAA) | bluR ← | repressor of blue light‑responsive genes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,213,890 | 0 | A | T | 12.2% | 295.2 / 2.4 | 107 | I57K (ATA→AAA) | bluR | repressor of blue light‑responsive genes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/59); new base T (9/6); total (42/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.78e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGGAGGTGTTGTGATCAAGCACGAGACGCTGGCGAACAGGAAGGTAAACATGATTAATCAATTGATCTACTGGGTACTCTCGACCCAGTGAAATAATTCTCGCGCGTAGTTTGGCAGGATTAGCCATGCGAAGAATTGACATCATCTCTTCTTGCAGGCGGCTCCAGTCATCTTCCGTATCCTGGCTGGTGGTTTCCAGTAATGCTTTAACTTTGCCTACAGGGACGCCATTACTTATCCAACGCTTGATCTCTTCG‑ATGCGTTGTATGTCT‑TCTTCATCAAAGAGTCGGTGTCCGCCTTCACTGCGCTGTGGTTTTAACAAACCGTAGCGGCGTTGCCAGGCCCGGAGAGTGACAGGATTAATCCCGCAACGTTCAGCAACATCACCAATGCTGTAATAAGCCACAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGC > NC_000913/1213654‑1214128 | gggAGGTGTTGTGATCAAGCACGAGACGCTGGCGAACAGGAAGGTAAACATGATTAATCAATTGATCTACTGGGTACTCTCGACCCAGTGAAATAATTCTCGCGCGTAGTTTGGCAGGATTAGCCATGCGAAGAATTGACATCATCTCTTCTTGCAGGCGGCTCCAGTCATCTTCCGTATCCTGGCTGGTGGTTTCCAGTAATGCTTTAACTTTGCCTACAGGGACGCCATTACTTATc < 1:313977/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |