Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 173,223 | A→G | 9.3% | S588G (AGT→GGT) | fhuB → | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 173,223 | 0 | A | G | 9.3% | 248.8 / 4.0 | 97 | S588G (AGT→GGT) | fhuB | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/43); new base G (9/2); total (52/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGACCGCGACGATGACTATTGGACCGTTGAGTTTTGTTGGTTTAATGGCACCGCATATTGCGCGGATGATGGGCTTTCGACGGACGATGCCACACATCGTAATTTCGGCGCTGGTGGGTGGTTTACTGCTGGTGTTCGCTGACTGGTGTGGGCGGATGGTGCTGTTTCCATTCCAGATCCCGGCGGGGCTGCTGTCAACCTTTATCGGCGCGCCATATTTTATCTATTTGTTGAGAAAGCAGAGCCGTTAATTTTTCCATATAACGG > NC_000913/172988‑173460 | gACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGACCGCGACGATGACTATTGGACGGTTGCGtt > 1:805359/1‑239 (MQ=255) gACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACCCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGACCGCGACGATGACCATTGGGCCGTGGAGtt > 1:1319852/1‑239 (MQ=255) aCCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGGCGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGAGACCGCGACGATGAAGAATGGAACGTTGAGttt > 2:382402/1‑239 (MQ=255) ccGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGACCGCGACGATGGCTATTGGACCCTTGGGTTTTGTTGGTTTa > 1:9669/1‑239 (MQ=255) tCGCCCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCGGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTCCCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGACCGCGACGATGACTATTGGACCGTTGAGTTTTGTTGGTTTAATGGc < 1:262508/239‑1 (MQ=255) tCGACCTACAACGCGCCCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGCATTGTGCTGGGGCTTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTCCCGCCGCT‑GGCTGCCCATTTTACCGCTGGGTGGGGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGCTGCCGACGCGAATTGCGCTCCTGCTGCTAGCGCACTGCCTGACGGCCTCCGCGCAGCCGTCTATTGGACCCGTGGGTTTTGTATGtttcaggg > 2:1243481/1‑233 (MQ=255) tCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCG‑CTGTGCCGCCGCT‑GGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGATACCGCCCGAGCCGTA‑GGAATGGCGCTGACGCCGACGCGAATTGCGCTGCTGCTGTTAGCGGCTTGCCTGACGGCGCCCGCGACGATGACCATTGGACCGTTGAGTTTTGTTGGTTTAATgg > 1:182451/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |