| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,416,417 | C→T | 14.3% | S462F (TCT→TTT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,416,417 | 0 | C | T | 14.3% | 209.8 / 6.6 | 97 | S462F (TCT→TTT) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/58); new base T (12/3); total (36/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGGC‑GCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTC‑TTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCAT‑CACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTT‑AATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGG‑CAAAATCCTCGGATCCACAGGACGAT > NC_000913/3416196‑3416650 | cTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGCCGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGGGGGAATCGCGATGGGGCTTTCCGCGGTTTTTTTTCCTATGGCCTTTTTTGGGGGTTTTTAT‑GGGGGCAttttt > 2:950542/1‑236 (MQ=255) tCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGGGCTGTCCGCGGGATTTATTCCGTTGGCATTCTTCGGCGGGTTTAAT‑TGGGGAATTTTTc > 2:702239/1‑238 (MQ=255) ccATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGGGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGGGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑c < 1:5934/239‑1 (MQ=255) cccctacacTAGCGGTTTTTGGGTTGGTCTTTTCCATGGGGGTGGTTGGCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCAAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAg < 2:466625/234‑1 (MQ=255) cccccacccTATCGGTTTTGGGGGTGGTGCTTGCCCTCGGGCTGCTCGGGGAGGAGGGGATGGGGGGGGGGGAAAACGCGGGGCCGGTGATGATGGAGGATAAGCCCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAg < 2:594780/235‑1 (MQ=255) aaCACACAAAGGATGTGAGGGATGGTGCTTGCAATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGGGGTGGAGAACGTGGAGCGCGTGATGAGGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGtt < 1:873044/239‑1 (MQ=255) tAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGGTTTTCT‑GTGGCAAGTTTTTG‑CCAGtttccttt > 1:645719/1‑232 (MQ=255) aTGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGGATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGGCAATTT‑TCT‑CCAGtttcttattacca > 1:1011123/1‑227 (MQ=255) ttCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTTCT‑GGGGCCATTTTTCG‑CCCGTTTTCTATTACCCTCGt > 1:84585/1‑239 (MQ=255) ttCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGAAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTACCGCGATGGGGCTGTCACCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGGGGTGTTCCT‑GGGGGAATTTTTCG‑CCCAGTCTCTTTCAcccccgt > 2:1065621/1‑234 (MQ=255) 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tGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTTTACC‑TGGGCGATTTTTCG‑CCCGTTGTTCATTCCCACCGTTT‑TGGCAATg > 1:320181/1‑239 (MQ=255) tttGCCATCGGGCTTTTCGTGGATGAGGCGTTGGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGGTGAGGATGGGGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGgc < 2:13943/238‑1 (MQ=255) ttGCCATGGGGCGGGCCGCCGATGATGCTAAAGTGGTGGGGGAAAATGTCTAGGGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGgc < 1:1018091/238‑1 (MQ=255) gCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTTTACT‑TGGGCAATTTATCT‑CCACTTCTCTATCCCCACACTTT‑CGGCCATGgc‑g > 1:274856/1‑237 (MQ=255) cGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGACAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGGATTTATTCCGATGGCATTCTTCGCCGGTTCTAAT‑GGGGCAAATTTTCG‑CCAGTTCTTTATCCCCATACTTT‑CGGCAATGGA‑GCtt > 1:492197/1‑235 (MQ=255) ggccggcgATGATGGGATGGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGGC‑GCTttctgttctg < 1:287312/232‑1 (MQ=255) 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tggAGAACGTCGGGCGGGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGGCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGGC‑GCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTC‑TTACCCCTGCGtt < 1:35262/238‑1 (MQ=255) tggAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACT‑GGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACT‑GGGGCAATTTATCG‑CCAGTTCTCTATCACCATCGTTT‑CGGCAATGGC‑GCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTC‑TTACCCCTGCGtt < 1:313315/238‑1 (MQ=255) aCGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCCCT‑GGTGGGTATCGCGGTGGTGCTGTCAGCGGCATTCATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTGTTTCT‑CGGGGAGCTTTCGG‑CCCGGTTTTTCTCCCCCTCGTTT‑CGACCATGGCGGCTTTCTGTCGGGGTGTCATTGTTTT‑TTACCCCTGCTTTATGTGc > 2:742650/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |