| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,532,595 | C→A | 17.3% | intergenic (‑156/‑223) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,532,595 | 0 | C | A | 17.3% | 217.8 / 3.3 | 82 | intergenic (‑156/‑223) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/16); new base A (2/14); total (51/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
GCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGG‑TTAA‑TTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGC‑TTTTTTCAGAAAA‑TAATCAAAAAAA‑GTTAGCGT‑GGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTC‑AGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAA > NC_000913/3532365‑3532831 | gCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGG‑TTAA‑TTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGC‑TTTTTTCAGAAAA‑TAATCAAAAAAA‑GTTAGCGT‑GGTGAATCGATACTTTACCGTATGAATTTGCATCAATTTCATTA‑AGAAATACGATTCCAATCAAAAAATTc > 2:718051/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |