| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,622 | C→A | 10.6% | V231F (GTT→TTT) | waaU ← | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,622 | 0 | C | A | 10.6% | 126.8 / 7.3 | 38 | V231F (GTT→TTT) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/20); new base A (2/2); total (16/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
TACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGCTGTATCAACAGAAATGACAAAATCACTATACTTGGTCAACGCAACGGTATAAATAAACTCATCAAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTATTTCTATTGCTCGTGTACTCATATGTTCTTTTAAACATTCATCGTGGGGATGGTAAAATGAATAGT > NC_000913/3798385‑3798855 | tACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGCTGTATCAACAGAAATGACAAAATCACTATACTTGGTCAACGCAACGGTATAAATAAACTCATCAAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACt > 1:71892/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |