| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,838,902 | C→T | 12.1% | L219L (CTG→TTG) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,838,902 | 0 | C | T | 12.1% | 310.0 / 5.6 | 127 | L219L (CTG→TTG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/72); new base T (13/4); total (51/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAG‑ACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAG‑TTTGATTCTGGC‑GTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAG‑TCTGTACC‑TGAAAGGAGCACAA‑TTAATTGGCGGT‑CCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCG‑CTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGATTCCCGTCGCCGC > NC_000913/3838677‑3839135 | gTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCCGCTGGGGTATGCTGATTGTCGGTCTGATTCTGTTGGCCTTTTATGCCAG‑ACAAAGAACCAACTTTCGCGTTAACGGCAG‑TTTTATTTTGGG‑Ggttttttt > 1:129062/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |