| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 361,670 | A→T | 16.0% | V64E (GTA→GAA) | lacA ← | thiogalactoside acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 361,670 | 0 | A | T | 16.0% | 114.7 / 3.6 | 65 | V64E (GTA→GAA) | lacA | thiogalactoside acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/40); new base T (8/3); total (19/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGTTCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑GGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGCACATATCGGTAAATAGCTTGCCTGCTCTTATTCTTTCGGTCATTGGCATGTTCAATGCGATCACTCCGTTATGATATGTTGGTC > NC_000913/361439‑361889 | ccGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGTTCT‑Tccccaga > 1:118795/1‑235 (MQ=255)ccGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGCTGGGCGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAAACGAAAAAGAAACAAACAGGCGGTTTT‑ATCCacac > 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CCGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGTTCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑GGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGCACATATCGGTAAATAGCTTGCCTGCTCTTATTCTTTCGGTCATTGGCATGTTCAATGCGATCACTCCGTTATGATATGTTGGTC > NC_000913/361439‑361889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |