| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,219,539 | C→T | 14.6% | A315V (GCG→GTG) | aceK → | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,219,539 | 0 | C | T | 14.6% | 178.6 / 14.4 | 85 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/29); new base T (3/8); total (47/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTG‑CTGG‑AGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219305‑4219777 | aTACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg > 1:774720/1‑239 (MQ=255)aTACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg > 1:425019/1‑239 (MQ=255) ccctccctgACGCCCTCCGCCGAAGCGGGCTTTTTTTTTGGCTTTGCGCGTTTTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCggg < 2:425019/238‑1 (MQ=255) tgcctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTAt < 1:799246/239‑1 (MQ=255) 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ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTG‑CTGG‑AGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219305‑4219777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |