| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,253,517 | A→G | 10.3% | S168G (AGT→GGT) | ubiA → | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,517 | 0 | A | G | 10.3% | 304.4 / 2.2 | 123 | S168G (AGT→GGT) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/65); new base G (11/4); total (54/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCG‑CGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAG‑TCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTC‑GGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTGGTCAATTCTGGTGGC > NC_000913/4253282‑4253752 | cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCG‑CGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCACGTGGTGCTGGGCGGGGCGTTTGGCTGGTCGGTTCCAATGGCTTTTGCCGC‑GGGAGGGGGTTCGGTGCATTTGAGtt > 1:1080222/1‑239 (MQ=255)cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCG‑CGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAG‑TCGGTGCCATTGAGtt > 1:318904/1‑239 (MQ=255) cgGTAACGGGGAATGTGGTGCG‑CGCGCTGTTTGTCGTGTTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAG‑TCGGTGCCATTGAGTTg < 2:464362/238‑1 (MQ=255) cgGTAACAGAGAAAGAGGCGCG‑CGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAG‑TCGGGGCCATTGGGTTGc > 1:258507/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |