Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 429,854 | T→G | 14.1% | V117G (GTG→GGG) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 429,854 | 0 | T | G | 14.1% | 287.0 / 6.3 | 106 | V117G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/71); new base G (16/3); total (32/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.07e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGAT > NC_000913/429621‑430088 | tattatGGGCGGTCGCGGCTTTAACGGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTa < 1:829016/239‑1 (MQ=255) tatGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGCGGAAACAGGCGGACA‑GGTGTTGGGGCGCCAGGTTCT‑GAAGGGGGTTacag > 1:408160/1‑236 (MQ=255) ggCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCC‑GGGGGTGGGCGACCCGGGTCTGGAAGGGGATAAACaaa > 2:280224/1‑238 (MQ=255) gCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGGTGGGCGGCCAGGTTCT‑GAAGGGGGTTAACGaaaac > 2:1087967/1‑236 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |