| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,480,111 | C→T | 11.2% | L128F (CTC→TTC) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,480,111 | 0 | C | T | 11.2% | 246.8 / 3.6 | 96 | L128F (CTC→TTC) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/53); new base T (9/3); total (40/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
AAATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > NC_000913/4479874‑4480344 | aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGTCAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGACTGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGGGTCCGCGTTTATTCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTATTGTTGGTTTTGCTTAATTTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TTCGTCTTCAGGGCTTAATGACCATtc > 2:225141/1‑238 (MQ=255)aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGCTTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCCATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TGCGTCCTCCGGCCTTACTGACCAGtc > 1:39972/1‑238 (MQ=255) tttAAGCGTTATCTTTATGTTAATATGGAAGTTAACGGAAAACGTTTTTTTTATTGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCaa < 2:944187/237‑1 (MQ=255) tGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTTTCa > 1:523853/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |