| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 830,872 | A→T | 12.6% | M1M (ATG→TTG) † | rhlE → | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 830,872 | 0 | A | T | 12.6% | 232.8 / 2.9 | 99 | M1M (ATG→TTG) † | rhlE | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/41); new base T (11/3); total (55/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACAGCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACG‑CCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTC > NC_000913/830635‑831108 | attattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGGTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTTGGGGGGGTTCGGGGTGGTTAt > 2:668024/1‑239 (MQ=255) cGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTTGGCGTAGTTATGTCTTTCGa > 1:972451/1‑239 (MQ=255) tCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTTGGttt > 1:558481/1‑239 (MQ=255) cTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTa < 1:997783/239‑1 (MQ=255) ttaTCAAATGTTTTATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg < 2:558481/237‑1 (MQ=255) tAATCAAATGATTGATTGAGATTATGACGCCAGAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATTATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTGTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATTTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTGTGGGTTTAAg < 2:163683/239‑1 (MQ=255) tAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAAAGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg < 1:733125/239‑1 (MQ=255) 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tCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGcc < 1:258542/198‑1 (MQ=255) tCCA‑GTAGGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCCCAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAggg < 1:648973/229‑1 (MQ=255) cA‑GTAGGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAacc < 1:798034/239‑1 (MQ=255) tATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGGTATCC‑TGCGCGCCGTTTCCGGGCAGGGGTACC‑GTGGacccc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |