| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,761,252 | A→C | 16.1% | G180G (GGT→GGG) | sufD ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,761,252 | 0 | A | C | 16.1% | 220.9 / 3.2 | 103 | G180G (GGT→GGG) | sufD | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/34); new base C (4/19); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGTACTGGTGTTGTGTCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCAAGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGC‑AGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCT > NC_000913/1761015‑1761482 | cGTACTGGTGTTGTGTCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCAAGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATAGGGAACCGTGCCCCGGCAAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCGTTGCTTCGGCa > 1:916365/1‑238 (MQ=255) 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tCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCACGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATATGGAACCGTGCCCCGGTAAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCCTTGTTTCGGCCCCTTCCGccagatcca > 2:243661/1‑239 (MQ=255) tCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCAAGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTGAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGccagatcca > 1:117879/1‑239 (MQ=255) tCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCAAGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGccagatcca > 1:695231/1‑239 (MQ=255) 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CGTACTGGTGTTGTGTCGTAACACTGCGCCACCCAGCAGGAAACTGTGGCTAAATGCGGTGGCATCCTCAGCCAGCAACAAATCGTTATGAGCAAAGTGGTGACTGAGCGGGTTTTCAAACGCCAGCTTGATATGC‑TGCAAGTGGGCATTCGCTG‑CGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGA‑CGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGAT‑CACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGC‑AGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCT > NC_000913/1761015‑1761482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |