| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,876,559 | G→T | 20.5% | intergenic (‑230/‑22) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,559 | 0 | G | T | 20.5% | 163.2 / 4.2 | 70 | intergenic (‑230/‑22) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/41); new base T (14/2); total (27/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGT > NC_000913/2876322‑2876796 | tGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGGCATCAGAAGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGc < 1:320082/239‑1 (MQ=255)tGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGc < 1:879711/239‑1 (MQ=255) tatcccataCCCTTCCTTTGGAATTCCCCTTATTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGTGCGTAAGAGAAAGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTCCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAAATTGC‑a < 2:1027369/231‑1 (MQ=255) taTCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 2:1079632/238‑1 (MQ=255) gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATTCCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:239489/239‑1 (MQ=255) gATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑a < 1:302078/239‑1 (MQ=255) aTCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTGTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACAAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑At < 1:401126/239‑1 (MQ=255) 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< 2:849853/227‑1 (MQ=255) gC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑GA‑CTATGGTTTCCGAA‑TTGCGCCCCCGATCCGCTGCCCTGGCGCTAGGCGT‑AAGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTTCTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCaaa < 1:94520/239‑1 (MQ=255) c‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACC‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCaaa < 1:252318/238‑1 (MQ=255) gggtaaaaaaTTTTC‑ATGGTTTTTAAGGGCTCCA‑CTTTTTTTTCCGCT‑TGGCGCCACCGTCCCGTTCCCCTGCCGTCCGGGTT‑ATGCTTTTTTCCCCCGGTACACGCCTCGTCACCGAACCCTGGCGATTTTCATAATACACAGGC‑ACGAAATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACCCCTGCAGAAATGTTATCTCCCGATTATATCCGCCAACAGTTGCAGaaaa < 2:351503/234‑1 (MQ=255) 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TGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAATTTGC‑ATGGTATTTAAGGACT‑CA‑CTATGTTTTCCGCA‑TTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGT‑ATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGC‑ACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGT > NC_000913/2876322‑2876796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |