| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,027,731 | A→G | 16.4% | E204G (GAG→GGG) | ghxQ → | guanine/hypoxanthine permease, high affinity; guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,027,731 | 0 | A | G | 16.4% | 229.2 / 11.3 | 102 | E204G (GAG→GGG) | ghxQ | guanine/hypoxanthine permease, high affinity; guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/51); new base G (16/2); total (49/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGAGAAGTGTCGCGTACCCGGCGGGATCT‑TGTTGGTGATTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCAGCGGTGAAATACCACGGTCTGGTGGCGATGCCAAGCCTGACTGGCGAAGATGGTAAGTCTCTGATTTTCAGCCTCGATATTATGGGTG‑CACTCCAGCCAACTGTAC‑TTCCGAGTGTACTGGCATTGGTGATGACCGCAGTGTTCGACGCTACTGGCACCATCCG > NC_000913/3027514‑3027968 | gTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGGATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTATCGGTGTGGGAATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGGGCCCGGTGCGTTTCCCTCCTTCCCGGTGATGATGGGCTTGCTGGGGCTGCGGGGTC‑TCTTTGGCCTCGGGAGGGGGGCCGTACCcggggg > 2:230898/1‑239 (MQ=255) tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATTTTCGGCCTGGAGAAGGGTCGCGTACCCGGCGGGGTCt‑ttt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |