| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,246,255 | T→C | 7.0% | K55K (AAA→AAG) | malE ← | maltose transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,246,255 | 0 | T | C | 7.0% | 191.6 / 4.1 | 57 | K55K (AAA→AAG) | malE | maltose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/26); new base C (2/2); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
TGTTATAAATCAGCGATAACGCTTCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGA > NC_000913/4245987‑4246537 | tGTTATAAATCAGCGATAACGCTTCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGAc < 2:393621/289‑1 (MQ=255) 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tGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCt > 1:67279/1‑288 (MQ=255) ttCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTtgt > 2:96608/1‑289 (MQ=255) tCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGATACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTtgtg < 1:418875/289‑1 (MQ=255) gTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGa > 1:256808/1‑288 (MQ=255) gTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGa > 1:463800/1‑288 (MQ=255) | TGTTATAAATCAGCGATAACGCTTCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGA > NC_000913/4245987‑4246537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |