| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,558 | T→G | 29.7% | intergenic (+50/‑7) | allB → / → ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,558 | 0 | T | G | 29.7% | 128.1 / 16.9 | 70 | intergenic (+50/‑7) | allB/ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/35); new base G (20/2); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCT > NC_000913/540333‑540794 | gcTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTTTGTTCa > 1:407094/1‑239 (MQ=255)gcTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCAAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTTAGGTGTGTTTATGTTCa > 1:416152/1‑239 (MQ=255) aTGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCCTTCTCCGGTTTAGGGGTGTTTTTGtttcatt > 2:75333/1‑234 (MQ=255) aTGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAAtt < 1:289146/239‑1 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCTGGGCTTCTTCAGTTATGGGGGGTTTTTGCTCCAGTTTT‑CAGt > 2:205179/1‑238 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTTCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTCAATTTTT‑GAGTc > 1:1124856/1‑239 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTc > 1:72885/1‑239 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAAAAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGAAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGAGGGAATTTCCCGAGTACTGTGGGTATTTTTTCAAttttttcggg > 2:46527/1‑233 (MQ=255) tGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATCGGCGCGCGAATCACGAAAACCATCTTACGTGGCGATGTGATTTACGACATTGAACAGTGATTCCCTGTTGCGCCGAACGGTCAATTTATCCTTAAAAATCAGCAGTACTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCTGCGGGCATTATCCCGGTTAGGGGTGCTTTCTTTCCATTTTG‑CAGttgacc > 2:682860/1‑233 (MQ=255) cGATCTGGAATATCGCCGCAAAGGCAACCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCTTATCACGAAAACCATCTTACGTCGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCTTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAATCAGCcgcg < 2:1124856/238‑1 (MQ=255) cTGTAATATCGCCACAAAGTCAGCCCTTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGc < 2:645385/239‑1 (MQ=255) ccACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGCCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTCCAATGCCCGTCCTTGCTGCGGGCATTCTTCGGGTAGGGTGGGTTTATGTTCAATTTTT‑CCGTCAGGAGCGCACGCCC‑GTGATCAgg > 2:548019/1‑239 (MQ=255) cacaGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATACCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCTGGTTTAGGTGTGTTTTTGTTCACTTTTT‑CAGTTCGACGCGGAAGACT‑GTTTTTCGGAtt > 2:342427/4‑239 (MQ=255) aGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑a < 1:912099/239‑1 (MQ=255) cAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑Ag < 1:208596/237‑1 (MQ=255) gCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTTTTTTTACTTTTG‑CAGTCAGCCGTGTAAACCT‑TTTTCCCGGATTTC‑TGTGGGtttttttttttt > 1:251888/1‑239 (MQ=255) cGTACCAGTGGCGCGCGTATCACGAAAACCAGCTTACGGGGTGATGTGATTTACGGCATTGAACAGGGCTTCCCTGTGGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATGCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTAttttt < 2:310292/239‑1 (MQ=255) gTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGGATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTTAATTTTT‑TAGGCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATTAGGATTTC‑GGGGGGTTTTCtttttttttt > 1:387234/1‑239 (MQ=255) aCCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGTCTTCTCCCGGTCAGGGGTGCTTTTGTTCTATTTTT‑GCGTCATCACGGCACGCCT‑GTTATGCAGATTTCTCGTGATTTTT‑TTTAtttttt > 2:38303/1‑237 (MQ=255) cATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGTGGATGTGATTGACGACAATTAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 2:48268/239‑1 (MQ=255) cATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 1:891536/239‑1 (MQ=255) ttGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 2:791298/239‑1 (MQ=255) ttGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 1:784178/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAacac < 1:91988/239‑1 (MQ=255) ggCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTTCGGTTAAGGGGTGTTTTTGTTCCATTTTT‑CAGGCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTT‑AGTGGGTTTTCTTTTTTTTTTTTAacaag > 1:193984/1‑237 (MQ=255) cgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCCTTCTTCGGTTAAGGTGTGTTTATTTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGGAAACCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTGCAACACGGTtgtg > 1:638226/1‑239 (MQ=255) cgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGGTAAGGTGGGTTTTTGTTCAATTTTT‑CAGTCCGACGGGGAAGACT‑TGTATCAGGGTTTC‑CATGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTACACGGTtgtt > 2:310554/1‑238 (MQ=255) aCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACg < 1:26767/239‑1 (MQ=255) aCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACg < 1:315070/239‑1 (MQ=255) cATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑Gtt < 1:374497/179‑1 (MQ=255) tCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTTTGTTCCATTTTG‑CCGTCCGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTTCAACCCGGTTTTGGTTCCTCCT‑ACGCt > 1:516457/1‑237 (MQ=255) tCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCCGTTAAGGGGTGTTTTTGTTCAATTTTT‑CAGTCAGCCGCGAAAGACC‑GTTATCAGGGTTTT‑TGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAACACGGGTGTGGGtcctcccctcgt > 2:912167/1‑231 (MQ=255) tACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACttt < 1:342427/239‑1 (MQ=255) aCGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 1:327277/211‑1 (MQ=255) tgatgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGGTAAGGTGTGTTTATGGTTAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTTTCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑TCGCTTCTTTTTGCttt > 1:43826/1‑239 (MQ=255) ttACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGcc < 1:46527/239‑1 (MQ=255) tACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCCTTCTCCCGGTTTGGGGGGTTTATGTTTAAGTTTGTCAG‑CAGCCGCGAAAACCC‑GTTTTCAGGCTTTC‑ATTGGTTTTTTTTTATTTTTTGTCACACAGTTGTGGGTACTCCT‑ACGCTGCTTTCTGTTTTTCATTTGcg > 2:800285/1‑237 (MQ=255) tACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTTAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTTTCAGGGTTTC‑CGTGGGTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTTAGTTGcc > 1:918886/1‑238 (MQ=255) ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTTTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGGAAACCC‑GTTATCAGGTGTTC‑CGTGGGTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTTTGGGTCCTACT‑ACCCTACTTTTTGCTTTTCTGTTTCCGCAAAGTAGCCTGCtt > 1:590311/1‑239 (MQ=255) ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTCAATTTTT‑CCGTCAGCCCCGAAAGCCT‑GTTATCAGGGTTTC‑CGCGGGTTTTCTTTATTTTTTTTCACACCGGTGTGGTTCATCCT‑ACACTACTTTCTTCTTTTCATGTGCCGCAAAATTGCCTCCtt > 2:1158565/1‑239 (MQ=255) ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAATCTCCGGGTTAGGGGGGTTTATGTTTAATTTTG‑CAGTCCGCCGCGGAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑CGTGGTTTTTCTTTATTTTTTTCAACACGGTTGTGGTTCCTCCC‑TCGCTACTTTTTGCTTTTTAGTTTCCGCACAGttaccctctt > 2:281537/1‑230 (MQ=255) cccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCCTTTCCCCGTTAAGGGGTTTTTATGTTCTATTTTT‑CAGTTACGCGCGCAAACCT‑GTTAATCGGGTTTT‑TGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTGCAAAACCGCTGTGGTTCCTCCTCCCGCCA‑TTTTTTCTTTTCAGGTTGCGCGAAGTAGCCtcgtttccc > 2:1055784/1‑230 (MQ=255) cccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑Ct < 2:72885/239‑1 (MQ=255) ccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTc < 1:310554/239‑1 (MQ=255) tGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCCATTTTG‑CAGTCAGCCCCGAAAGCCT‑GTTATTAGGATTTC‑AGTGGGTTTTCTTTTTTTTTTTCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTTCCGCAAAGGAGCCTGCTTTAG‑CTCACCCa > 1:764962/1‑239 (MQ=255) gcCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAata < 1:895751/239‑1 (MQ=255) aaaGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGGTTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCt > 1:1135113/1‑239 (MQ=255) aaaTTTATACTTAAACATCAGCAGTAAGCTGGCTCCTGCATAGCCCGTGCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTGTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTGGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTGCTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCt < 2:638488/237‑1 (MQ=255) aTTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAACGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGTTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGc < 2:1031917/239‑1 (MQ=255) ttATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTa < 1:548019/239‑1 (MQ=255) cTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCa < 1:682860/239‑1 (MQ=255) aaCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCACGTCCTTGCGGCGGCCATTCTCCGGTTAAGGAGGGTTTATGTTAAATTTTT‑CACTCACACGCCAGAGGCT‑GCTATCAGGAGTTC‑TGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAACACGGTTGTGGTTCCCCCT‑TCGCTACTTTCTTCTTTTCAGTTGCCCCGAAGTAGACTCCTTAAC‑ACCACGCCATATGCTTTTTTTGTTCCCGccccg > 2:123972/1‑234 (MQ=255) aCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGc < 1:188188/239‑1 (MQ=255) aTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCa < 2:12011/200‑1 (MQ=255) aTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCa > 1:12011/1‑200 (MQ=255) gCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGGCTTCTCCGGGTAAGGGGTGGTTATGTTCAATTTTT‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCC‑GTTATCAGGGTTTT‑AGGGGTTTTTTTTTATTTTTTGCAACACGGGTGTGGTTCCCCCC‑ACGCTTCTTTTTGCTTTTTTGTTTCCGCAAAATAGCCTGCTTTCG‑CACACGCCACATGCTTTTTTTTCTACCCCACTGGCCC‑CCCTCGCTCCGGCGt > 2:915343/1‑239 (MQ=255) cccTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGc < 1:125461/220‑1 (MQ=255) ccTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGGTAAGGGGTGTTTTTGTTTACTTTTG‑CAGTCAGCCGCGGAAGCCTCGTTTTC‑GGGTTTC‑AGTGGGTTTTCTTTTTTTTTTTTAACACGGGTGTGGGTCGTCCT‑ACCCTACTTTCTGCTTTTCAGTTTCCCCAAAAAGACCTGCTTAAGCCCCCCGCAA‑ATTCTTTTTTTGCTTACGCACTGGCCTCGCTTGGCCCGGGCtttt > 2:833242/1‑239 (MQ=255) tGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGGTTATGTTCCATTTTG‑CAGTCAGCCGCGGAAGCCT‑GTTATCAGGGTTTC‑AGGGGGTTTTTTTTATTTTTTTCAACACGGCTGTGGTTACTTCT‑ACGCTACTTTCTGTTTTTCAGTTGACGCAAAGTAGCCTTCTTTCG‑GTTCCGCCATATGCTTTTCTTTCTCCCGCCCTCGCCT‑GCCTCGCTCAGGCCTTTTGc > 2:244767/1‑239 (MQ=255) aaTGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGt < 1:75333/239‑1 (MQ=255) tGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCa < 1:205179/239‑1 (MQ=255) ccTTGGGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAtcgtcg < 1:1055784/238‑1 (MQ=255) ccTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGTTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCATGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgc < 2:43826/239‑1 (MQ=255) cTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgcg < 1:833242/239‑1 (MQ=255) cTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgcg < 1:915343/239‑1 (MQ=255) cATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAAGTTCG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑ATTAGTTTTTCTTTAGTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTACTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTCCCTCACTGGCCT‑GCGTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAGCGTCGCGCTATTATGGa < 2:251888/238‑1 (MQ=255) cGGTTAGTGGGTGTTTATGTTGAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTTGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACCCGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAGCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAg < 2:193984/239‑1 (MQ=255) cGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAg < 1:38303/239‑1 (MQ=255) aGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGc < 1:229574/136‑1 (MQ=255) aGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGc > 2:229574/1‑136 (MQ=255) gtgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTgg > 2:170656/1‑235 (MQ=255) gtgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTCCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTgg > 1:31735/1‑235 (MQ=255) tgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCt < 1:170656/237‑1 (MQ=255) | GCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCT > NC_000913/540333‑540794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |