Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,196,131 | G→A | 31.2% | A337T (GCC→ACC) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,196,131 | 0 | G | A | 31.2% | 137.5 / 100.1 | 106 | A337T (GCC→ACC) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/38); new base A (18/15); total (53/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAA > NC_000913/1195899‑1196365 | cGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGAAGAATGCGCCCTGTTTGAAGccaccc > 2:515425/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |