| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,228,229 | G→C | 17.0% | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ ← | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,229 | 0 | G | C | 17.0% | 109.2 / 3.3 | 51 | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/25); new base C (7/2); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCA > NC_000913/2227996‑2228454 | ttcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGTTAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCCGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCCGCAATTGGA‑GGG‑GTTTCTcgccgtc > 2:1366354/1‑235 (MQ=255) cattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTccg < 1:1268961/239‑1 (MQ=255) attttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTccgc < 2:490828/239‑1 (MQ=255) tcCCCTCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGAGATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCgccgcc < 1:740733/239‑1 (MQ=255) tcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCgccgcc < 1:1050857/239‑1 (MQ=255) tcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGCGCTACCCTGCCAGCCCGCAATTGGC‑GGG‑TTTTGTCTCGTTTccccgc > 2:524944/1‑238 (MQ=255) gccccGCGACATCGGTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCAAACCTTAAAATGAGGAAGTAGTCCCGTTCTTATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCGATCTGCTGCAAGACGGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCgccgcc < 2:731897/238‑1 (MQ=255) gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGT‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑tt < 2:651489/239‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTaa < 2:1040693/239‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTaa < 1:718385/239‑1 (MQ=255) tGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTa < 2:1272767/239‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTAccc < 2:699243/238‑1 (MQ=255) gctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGCCCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAgg < 2:275186/239‑1 (MQ=255) gctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAgg < 1:744827/239‑1 (MQ=255) ctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTGTTCGCTTTCCCCCCCCCCGCC‑TTTACCCGTcccccgc > 2:849964/1‑236 (MQ=255) ctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCCTAccccagc > 1:658867/1‑235 (MQ=255) tgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGc < 1:1394819/238‑1 (MQ=255) tgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTCTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGc < 1:754416/238‑1 (MQ=255) gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTTCGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTTCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCgg < 1:459330/239‑1 (MQ=255) cGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCggg < 1:812763/238‑1 (MQ=255) gTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCCCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAAGCGGGCAGTAA‑ACTCCGCCCGGTTCtttt > 1:33122/1‑237 (MQ=255) ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTccc < 1:293422/238‑1 (MQ=255) tCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTCTCGCGGTCCGCCGCCCGTGC‑TTTTACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCCCCCCCCGGTTCTTTTCCCa > 1:454244/1‑239 (MQ=255) ttCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCCCCCGGGC‑TTTAACCGTACCCCGGCGGGGCGTAA‑CCTCCCCCCGATTCTTTcccccagttttca > 1:1065543/1‑230 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGGAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCCG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAg > 1:1159355/1‑238 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGGTCCCCCCCCCGTGC‑TTTTACCCGACCCCGGCGGGCCGTAA‑CCCCCCCCCCGTTCTTTTCCCCC‑GTATCCCG‑ATG‑cccg > 2:300563/1‑236 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTGTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCCGTAA‑CCTCCGCCCCATTCTTTCCCCCG‑ATATCgcgcagccaa > 1:1060747/1‑229 (MQ=255) ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTGCTCGCCTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGGAA‑ACTCCGCCCGATTCTTTTCCCAG‑ATATCGCG‑ATG‑CCAGCCCCCC‑GCTAAG‑cc > 1:892628/1‑239 (MQ=255) atatAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTCTCGCGGTTCCCCGCCCGTGC‑CTTTACCCTACCCCAGCGGGCCATAA‑CCTCCCCCCCGTTCTTTCCCCCA‑AGATCCCG‑AAG‑CCCACCCCCC‑GTTTAG‑ccccaaa > 2:1247715/1‑234 (MQ=255) cGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTTTTCGCCGTCCGCCACCCCGGC‑TTTAACCCGACCCCGGCGGGGAGTGA‑ACTCCGCCCGGTTCTTTTCTCAG‑ATAATGAG‑GCG‑CGACCCCGCC‑CCTTAG‑CCCCAAGAACCGCTggg > 2:76914/1‑238 (MQ=255) cGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCCGGC‑TTTTACCCTAACCAGGCGGGCCGTAA‑CCTCCGCCCGGTTCTTTTCCCCG‑ATATCGAG‑ATG‑CCCGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTTgt > 1:509571/1‑239 (MQ=255) ggcgcaatatgggTTTTCTGCTTTTTTTCTTTTTGCTGAAGGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACGGGGGGGCTACGCTGCCACCCAGCAATGGGC‑GGT‑TTTGCTCGCGTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTAcc < 2:1159355/227‑1 (MQ=255) ttCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTTCTCCCCGTTTGCCGCCCCCGC‑CTTTACCCTACCCCCGCGGGCCGTAA‑ACCCCCCCCCCCTCTTTTCCCAG‑CTATCCAC‑ATGCCCAGCCCCCC‑GTAACC‑CCAAAAAACCCTTTGGT‑TGCCCCGGGCCGGGC‑Gtca > 2:10902/1‑236 (MQ=255) tttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTCTCGAGGTCCGCCCCCCCGGCTTTTAACCTTACCCAGCGGGGGATTAA‑CC‑CCGCCCCCTTCTTTCCCCCA‑ATATCGAG‑ATG‑CCACCCCCCC‑GTTAAG‑CCCAAAATACCCTTGGTGTACCACGGGCCCGGC‑GGACCTGA‑GGcccgg > 2:704923/1‑236 (MQ=255) tttCGATTTGCGGCAAGACCGTGTTTACCGCCGCTGGGGTTTGCCCCTCCCAGTACGGGCGGGCTTCGCGGCCAGCCGGAAATGGGC‑GGG‑TTTGCTCGCTTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCGGGCGGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGa < 2:1065543/239‑1 (MQ=255) ccGTTTTTACCCCCCCCTGGGTTTCCACCCCCCTGTGCGGGCGGCCTCCCCCCCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCCCCCTTTCCGCCCCCCGTCC‑TTAACCCTTCCCCGGGCGGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATACCGAG‑ATG‑CCGGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGc < 2:33122/239‑1 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGG‑TTTCCCCCCCTTCCCCGCCCCCGGT‑TTTAACCG‑ACCCCGGCGGGGCGTAACCCCCCGCCCGTTTTTTTCCCCAG‑‑TAACCAGAATG‑CCACCCCCCC‑GTTAAC‑CCAAAAGACCCGTGGGTGTACC‑CGGGCCGGTC‑GGCACCGC‑GCCC‑CGAACGTTCCGAGC‑ACACGGccc > 2:679777/1‑238 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCCACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGGTCCCCCGCCCGTGG‑TTTAAACGTACCCAAGCGGGCAGGTA‑ACTCCCCCCGATTCTTTTCCCCG‑ATATCGAG‑GAG‑CCAGCCCGCC‑CGTAAG‑CCCAAAATGCCGCTGGGGTACCAACGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGGC‑GGGTCGTTCCGGGCGAAACGGcc > 2:416611/1‑238 (MQ=255) ccTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTGCTCCCCGTCCTCCCCCCCGGC‑TTTAACCCCACCCCGGCGGGCCGTAA‑CATCCGCCCCCTTCTTTCCCCAC‑GTATCCAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑CGTAAA‑CCCAAAATACCCCTTGTGGACCACGGGGCCGGC‑GGACCCGC‑GGCCGGGATCGTCCA‑AGC‑AACCGCCCCCCTTACGCCTTc > 2:410459/1‑238 (MQ=255) tCCCATTACAGGCGGGCTCCGCTGCCAGCAAGCAATGGGC‑GGG‑TTTGCCGGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTCCCCAGGCGGGCAGTAA‑CCCCCGCCCTATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTg < 1:1015008/239‑1 (MQ=255) cccGGTACAGGCGGGCTCCGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTGGCTCGCGTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTCCCCAGGGGGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGc < 2:509571/239‑1 (MQ=255) aGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCg < 2:212451/100‑1 (MQ=255) aCAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCACCAATTGGC‑GGG‑TTTCCTCGCGTCCCGCGGCCGGTGC‑TTTAACCGTCCCCGGGCGGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATACCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGc < 1:1247715/236‑1 (MQ=255) gCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCCCCCGTTCCCCCCCCCGCGC‑TTTTAACCTACCCCGGCGGGCAGGAA‑CCTCCCCCCCATTTTTTTCCCCG‑ATATCGGG‑AAG‑GCCCCCCGCC‑GTTTAC‑CCCAAAAAACCCGTGGTGCACCACCGGGCGGTCGGTACCCTC‑GTCC‑GGGAGCTACGGCAC‑AAACGGCCCCCTTAAGCCCTCTGTCG‑CAAttttttacacgcccttt > 2:1000316/1‑228 (MQ=255) gCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTGTCCCGGTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGCAACCAGGCGGGGCGGAA‑CCTCCGCCCCGTTCTTTCCCCCG‑ATATCGAG‑ATG‑CCACCCCCCC‑GTTTAG‑GCCAAAATACCCTTGGGGTACCACGGGCCGGGC‑GTGCCCGG‑GGCC‑GCGGCGTTCAGAGC‑AAAACGCCCCACTAAGCCCTCCTCCG‑GCCTTCTTTTCCggccccac > 2:831934/1‑231 (MQ=255) gCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTCTCGCGGTCCCCCGCCCCTGC‑CTTAACCGTACCCACGCGGGCAGTAA‑ACCCCGCCCCATTCTTTCCCCCG‑CTATCGAG‑AGG‑CCAGCCCCCC‑GGTAAGACCAAAAG‑AACGTTGGTGTACCACGGGGCCGCC‑GGAACCGC‑GGCC‑CGATCGTTCCTAGC‑AAACCGCCCCATTAACCCTCCTGCCGCCCATTTTTTTccctcctac > 2:22901/1‑231 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTTGTCCCGTTTCGCCCCCCGCGC‑CTTAACCGTACCCCGGCGGGGAGTAA‑CCTCCCCCCCATTCTTTccc > 1:212451/1‑100 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTTTCTCCCGTTCCCCCGCCCCGGC‑TTTTAACCTACCCCGGCGGGGAGGAA‑CCTCCCCCCCACTTTTTTCCCCC‑ATAACGAG‑AAG‑CCCGCCCCCCGGTTAAC‑CCCAAACAACCGTT‑GTGTACCACCGGCCCGTC‑GGACCTGCGGGCC‑GGACGGTCCAGGCC‑AAACGCCCCCATTACCCTTTCTCCGG‑CCATTTTTTGCCGcccaaactc > 2:334400/1‑230 (MQ=255) cagcAATTGGC‑GGG‑TTTGCGCGCGTCCCGCCCCCCGTGT‑TTTAACCGTACCCGGGCGGGCATTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCt < 1:853612/239‑1 (MQ=255) atgggC‑GGG‑TTTGCTCGCGTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTCCCCAGGCGGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGa < 1:300563/236‑1 (MQ=255) aggggC‑GTG‑TTTGCCCCCTTCCCGCCCCCCGTAC‑TTTACCCGTCCCCAGGCGGGCACTAA‑CCTCCCCCCTATTC‑TTCCCCAGTATACCGAG‑CGG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCGTATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGa < 2:645117/236‑1 (MQ=255) gC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGCTCTGCGGACCa > 1:1086643/1‑238 (MQ=255) | TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAG‑ATATCGAG‑ATG‑CCAGCCCGCC‑GTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGC‑GGCC‑GGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCG‑ACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCA > NC_000913/2227996‑2228454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |