| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,509,880 | A→C | 17.8% | D84A (GAC→GCC) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,509,880 | 0 | A | C | 17.8% | 208.5 / 3.0 | 96 | D84A (GAC→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/14); new base C (2/21); total (61/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCCAGAACCATGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGA‑TGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGG‑TCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTTATCGTAGCATTAATTCTCGGTCTTGCTGGCGGCGTCAGCCT‑‑GGGGCCGGAACATCCGATCATGACCGTCAATATCGCCCTTGCGGTTGCCATTGGCGCTCGTCTGTTACCGCGCGTCAACCGAATGGAGTGGACTATTTTAGCCTCTGCCGGAACCATCGGCGCACTGTTTGGCAC > NC_000913/2509644‑2510114 | aGCCAGAACCATGTTGTTATTATCGCTCCCCGCCGTGGCAATTGGGATTGCGTCCAGTCTTATTCTGATTGTGGTGA‑TGAAAATCGCCTCGGTATTACAGAATTTGCTCTGGCAACGACTGCCGGGAACTCTGGGGATAGCCCAGGATTCACCCCTCTGGATCATCGGTGTATTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGG‑TCATGCCGGACCAGAc > 2:1097943/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |