Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,421,183 | A→C | 15.7% | T402P (ACC→CCC) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,421,183 | 0 | A | C | 15.7% | 176.4 / 2.2 | 86 | T402P (ACC→CCC) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/20); new base C (2/15); total (47/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGG > NC_000913/4420947‑4421411 | cGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCAc < 1:1073261/238‑1 (MQ=255) cGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCGGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACGTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCAc < 2:389388/238‑1 (MQ=255) gAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGTCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCg < 1:951166/239‑1 (MQ=255) aCGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCgg < 2:1442036/238‑1 (MQ=255) gCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTAt < 2:510571/239‑1 (MQ=255) tCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGc < 1:1166344/238‑1 (MQ=255) ttATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGCCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GGTTTTTCTGGTGATGGGGATGGTCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGTGGTGAAACTCCACGGTATGAGTGCCTGG‑ATggtc > 2:950120/1‑237 (MQ=255) tATGTGGGGCACCCTCGGTCAGCTGGTTGCGGTTGCCATCATGGTAGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTACTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGTCTCGTT‑CGCTAACCACTTCGACTGCTGGCGGGCGGTGCTGAA‑GCTTTGTGTGTGGATGGGGATGCTACA‑AATACTTGGATGGG‑TCT‑GGGTGGGGACAATCACCGGTATGAGCGccgtgctgggtg > 2:432246/1‑229 (MQ=255) ggggCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCg < 1:606648/239‑1 (MQ=255) gggCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCgg > 1:127794/1‑239 (MQ=255) cATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCTA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGCCTgg > 1:27933/1‑238 (MQ=255) aTCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTc < 1:1276995/239‑1 (MQ=255) gTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGTATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGc > 1:1201428/1‑211 (MQ=255) 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cGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTGACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGGAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGGCTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTtctc > 2:1288639/1‑237 (MQ=255) tccaTCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATAGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTa > 1:94118/4‑238 (MQ=255) ttCCTGGCTTTATCCCGATTTTCTTCTCTAACGCCACCCTCGGCGTGTT‑CGCTACCCTCTCCGGCGGCGGGCGTGGGGCGCTGAA‑GTTTTGTGTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAACCTCCCCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGTCTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGcc < 1:152190/239‑1 (MQ=255) 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aCTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGAAGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCa > 1:435643/1‑239 (MQ=255) ggcggcTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCagaaga > 1:328754/1‑239 (MQ=255) gcTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGAt > 1:763887/1‑239 (MQ=255) 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tGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATg > 1:1230529/1‑238 (MQ=255) tttGCG‑TCT‑GGGGGGTAAAACCCCCGGGTATGAGGGCCTGG‑AGGGGCTTGGCGGATTGTGCG‑TTTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGAc < 1:625161/237‑1 (MQ=255) ggtGCG‑TCG‑GGGCGGGAAACCGCCCGGGTAGGGGTCGCTGT‑GTGGGCTGGGCGTCCTGGTCT‑ATTCTGGCCCCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGAc < 2:127794/236‑1 (MQ=255) 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tGAAACTCACCGGTATGAGTGCCCGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTg > 1:962922/1‑236 (MQ=255) | CGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTT‑CGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAA‑GATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGA‑AATCTTTGGTTGCG‑TCT‑GGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGG‑ATGGGCATGGCGGACTGGTCG‑ATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATC‑GGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGG > NC_000913/4420947‑4421411 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |