New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3276530 = | 65 (0.860) | 3 (0.040) | 3/486 | NT | 3.5% | coding (1249/1572 nt) | garD | D‑galactarate dehydrogenase |
? | NC_000913 | 3277296 = | 101 (1.380) | coding (295/336 nt) | prlF | antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGG > NC_000913/3276245‑3276807 | gTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACgccagcca > 1:700632/1‑289 (MQ=255) tAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACgccagcca < 2:82604/288‑1 (MQ=255) tAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACgccagcca > 2:526787/1‑288 (MQ=255) aCGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCg > 2:335439/1‑289 (MQ=255) cGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCt > 2:226150/1‑289 (MQ=255) gcgATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCa < 1:93601/289‑1 (MQ=255) tCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCa > 1:131232/1‑289 (MQ=255) 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tAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGc < 2:175504/242‑1 (MQ=255) tAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGc > 1:175504/1‑242 (MQ=255) aCTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTAcc < 1:78915/289‑1 (MQ=255) 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cTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAAc < 2:362499/288‑1 (MQ=255) cTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGTAGAAACTATTGaata > 1:272771/1‑287 (MQ=255) tCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTgg > 1:383736/1‑289 (MQ=255) 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GTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATCTGCTGACACCACGCGCAGTGAACGAAGAGGTCGGCAAACGGCTGCTGGAGGAGATGGAGTGGTACGATAACTATCTCAATATGGGAAAAACCGACCGCAGCGCCAACCCTTCGCCGGGCAACAAGAAAGGCGGTCTGGCAAACGTGGTAGAGAAGGCACTCGGCTCCATTGCTAAATCGGGTAAAAGCGCAATTGTTGAAGTGCTGTCGCCCGGTCAACGCCCGACTAAACGCGGATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGG > NC_000913/3276245‑3276807 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |