| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,031,646 | A→G | 5.7% | noncoding (67/88 nt) | serT ← | tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,031,646 | 0 | A | G | 5.7% | 239.9 / 3.8 | 70 | noncoding (67/88 nt) | serT | tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/31); new base G (2/2); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
CTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGCCAAAAGAAAAATAGGTCCATTTTTAT > NC_000913/1031372‑1031919 | cTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCtt > 1:77161/1‑289 (MQ=255) tGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTc > 1:582123/1‑288 (MQ=255) aTGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGc > 2:604084/1‑288 (MQ=255) aTGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGc > 2:454710/1‑278 (MQ=255) 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aaTATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGaa > 2:589217/1‑289 (MQ=255) taACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTcc < 1:698020/289‑1 (MQ=255) aCGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCtt < 1:604084/289‑1 (MQ=255) cGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGAt < 2:168431/265‑1 (MQ=255) cGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGAt > 1:168431/1‑265 (MQ=255) agaATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGGACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTa < 1:478291/289‑1 (MQ=255) 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aaGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCaa < 1:550923/199‑1 (MQ=255) tAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGcc < 1:295987/287‑1 (MQ=255) aCCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGCCaaaa > 2:342383/1‑289 (MQ=255) 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tttGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCg > 2:406736/1‑182 (MQ=255) tttGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCg < 1:406736/182‑1 (MQ=255) aGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGCCAAAAGAAAAATAGGTCCATTTTTAt < 2:178046/288‑1 (MQ=255) | CTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGCCAAAAGAAAAATAGGTCCATTTTTAT > NC_000913/1031372‑1031919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |